基督教三大派别的区别在历史、教义、仪式和组织结构等方面存在一定的差异。
1、历史：天主教和东正教的起源可以追溯到公元1世纪，它们是最早形成的两个基督教派别。天主教在公元4世纪成为罗马帝国的国教，后来随着罗马帝国的分裂，天主教在西部以罗马为中心，形成拉丁礼派，即现在的天主教。
在东部以君士坦丁堡为中心，形成希腊礼派，即现在的东正教。新教则起源于16世纪的宗教改革，由马丁·路德等人发起，主张回归圣经的教义，反对天主教的教义和仪式。
2、教义：三者的基本教义都是信仰耶稣基督为救世主，但在一些具体教义上有所差异。天主教和东正教都信奉圣母玛利亚、圣人的崇敬等教义，认为教会的权威来自耶稣基督，教皇和主教具有很高的权威。新教则不接受这些教义，强调个人的信仰和圣经的权威，不承认教会的权威。
3、仪式：天主教和东正教的仪式较为复杂，包括弥撒、祈祷、忏悔、受洗等，其中弥撒是核心仪式。新教的仪式相对简单，主要有洗礼、圣餐、祈祷等，不包括弥撒。
4、组织结构：天主教的组织结构最为严密，以教皇为核心，分为教皇、主教、神父等层级。东正教的组织结构也比较严密，以主教为核心，分为主教、神父等层级。新教的组织结构相对松散，各教派和教会之间的联系并不紧密。
基督教的共同教义
基督教的教义，各教派强调的重点也不同，但基本信仰还是得到各教派公认的，基督教的教义可归纳为两个字博爱，在耶稣眼里，博爱分为两个方面，爱上帝和爱人如己。
其次也相仿，就是要爱人如己，这两条诫命是律法和先知一切道理的总纲，在基督教的教义中，爱上帝是指在宗教生活方面要全心全意的侍奉上帝，基督教是严格的一神教，只承认上帝耶和华是最高的神，反对多神崇拜和偶像崇拜，也反对宗教生活上的繁文缛节和哗众取宠。
基督教有两个意思，一是天主教与基督教的总称，一是指原来基督教与天主教本是一个教派，后基督教单分出去了，自立为基督教，也称新教，剩下的基督教徒自称天主教，也称旧教。