南京禄口国际机场有限公司的组织机构包括多个关键部门和执行机构，以确保机场的高效运作和管理。以下是具体部门的划分：
职能部门涵盖公司日常运营的各个方面：
- 公司办公室负责日常行政事务的处理与协调；
- 党群工作部关注党的建设和员工团队的凝聚力；
- 人力资源部负责员工招聘、培训和发展；
- 计划财务部负责财务管理和预算控制；
- 企业管理发展部负责企业的战略规划和发展；
- 安全与质量部确保机场的安全与服务质量；
- 纪律监察室负责监督和执行内部规章制度；
- 公安分局负责机场的治安维护；
- 物流工作办公室则处理物流相关事务。
在执行层面，机场的运营通过以下部门来实施：
- 运营指挥中心是机场运行的核心；
- 运输服务部提供旅客和货物的运输服务；
- 安检护卫部确保旅客和货物的安全检查；
- 动力技术部负责机场设施的电力和设施维护；
- 机场建设管理部负责机场设施的建设和更新；
- 空港货站是货物处理的重要环节；
- 医疗急救中心提供紧急医疗援助；
- 物业管理公司负责机场的设施管理和维护；
- 苏南航空中心处理航空相关业务。
此外，南京禄口国际机场还拥有直属企业，以支持和扩展其业务范围，包括：
- 空港国际货运有限公司处理货物运输；
- 候机楼管理公司负责候机楼的日常运营；
- 广告分公司负责机场内的广告业务；
- 汽车运输分公司提供机场内外的交通服务；
- 航空客运代理有限公司代理航空票务；
- 建设开发公司负责机场的建设项目；
- 汉莎航空食品有限公司供应航空餐食服务。
南京禄口国际机场有限公司现为江苏省人民政府国有资产监督管理委员会管理的省属大型企业，主要负责南京禄口国际机场的运营等工作。