一般来讲军统的站长是上校军衔,级别比一线作战部队的团长高一些,比旅长低一些。
军统局的省级站按国民党国防部的人数核定分为三种,上海、北平、天津、四川、云南等较大地区为甲种站,在编160人,站长为少将;安徽、贵州等为乙种站,在编110人,站长为上校;丙站在编60人,站长为中校或少校。
军统是不能直接指挥其它宪兵等部队的,它在进行大的行动时,一般通过警备司令部协调军警宪特各部门,但是军统站长一般有公开的身份以方便任务,比如警备司令部稽查处(二处)处长基本都由当地军统头兼任。
但是军统发展过程中,也做了很多上不得台面的事情,到抗战末期,军统已经发展到了五万人之多,而且权力极大。蒋介石虽然很信任军统和戴笠,但是为了限制和控制军统,对军统的人员一致采用的是低职高配的使用方法,赋予的权力很大,但是真正的职级不高。