主要有三种方式：
1、乡、村干部上门集中收缴方式：农民持《新型农村合作医疗证》、《户口薄》到本村、组指定的地点办理参合登记，填写《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。
2、村集体经济代缴方式：鼓励村集体经济好的村，实行由村集体经济统一交纳参合资金。村负责人持新型农村合作医疗登记册、户口登记册到乡镇新农合经办机构填写、汇总《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。
3、农民主动到乡镇新农合经办机构缴纳方式：农民持《新型农村合作医疗证》、《户口薄》到乡镇新农合经办机构办理参合登记，填写《参合人员缴费参合登记表》，经办人员审查，收缴农民个人参合资金，同时开具由省财政厅统一印制的新型农村合作医疗收款收据。
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扩展资料：
新型农村合作医疗卡办理
1、无卡户及新增户卡的办理：持户口本、户主身份证，有合医本、一本通的，带上合医本、一本通，到乡合医办开具开卡证明，再到乡信用社（银行）开卡，开好卡后回乡新农合办完成卡的激活。
挂失补卡：参合农户持户主身份证和户口本到乡合医办出具补卡证明再到信用社挂失，开好卡后（挂失补办一般一周才可以办理新卡）回乡新农合办完成卡的激活。
2、合医交费
有一本通，且以前扣款成功的，第二年的合医费用将在一本通上扣取，不需要存钱到合医卡上，若发现一本通扣款扣多或是扣少的，请在当年11月20（阳历）日前，持户口本、一本通，合医卡到乡合医办登记，县合医办统一返款。
参考资料来源：/baike.baidu.com/item/%E6%96%B0%E5%9E%8B%E5%86%9C%E6%9D%91%E5%90%88%E4%BD%9C%E5%8C%BB%E7%96%97?fromtitle=%E5%86%9C%E6%9D%91%E5%90%88%E4%BD%9C%E5%8C%BB%E7%96%97&fromid=7475655"target="_blank"title="百度百科-新型农村合作医疗">百度百科-新型农村合作医疗