福建九龙谷国家森林公园创建于2002年，位于福建省莆田市城厢区常太镇溪南村，距莆田市区仅32公里，绕东圳水库环库公路，经常太枇杷第一村—洋边村，沿途花果飘香，风光旖旎，素有莆田“后花园”美称。
2003年，在厦门国际旅游节上，民营企业家黄金华先生与福建省莆田市城厢区人民政府正式签订了1.27亿元旅游投资项目，在城厢区常太镇与仙游县钟山镇交界的溪南村承包7.5平方公里的山林经营权，经营期为47年，用于九龙谷的旅游开发。为了适应旅游业发展和满足人们休闲度假的需要，同时更好地保护和开发利用九龙谷森林风景资源，由城厢区林业局牵头，福建省莆田市常兴虎堀山旅游开发有限公司（现更名为福建省莆田市九龙谷综合发展有限公司）承办，主抓开发建设。10月，公园完成编制《虎堀山生态风景一期工程环境影响评价报告书》，并邀请姚金杜高级工程师实地进行植物调查。经反复论证，正式提出建立莆田虎堀山森林公园的可行性研究报告。
2004年11月，公园被省林业厅批准为省级森林公园。为将建成符合国家级标准的森林公园。12月，莆田市常兴虎堀山旅游开发有限公司向城厢区人民政府申请成立“福建省莆田虎堀山森林公园管理处”。 12月27日，莆田虎堀山森林公园管理委员会成立，由分管副区长兼任委员会主任，下设的管委会办公室为常设机构，隶属区人民政府，机构级别定为副科级事业单位，财政全额拨款，编制核定为3名。办公室负责督促虎堀山森林公园项目业主按森林公园规划实施开发建设，负责管理森林公园及周边地区的森林资源。
2005年11月30日，经省林业厅批准，同意将“莆田虎堀山森林公园”更名为“莆田九龙谷森林公园”，并同意《莆田九龙谷森林公园总体规划》内容作为森林公园建设依据。此后，森林公园又增设了以座落于城厢区华亭镇的龟山寺为中心的龟山寺景区。
经过五年的努力建设，2006年12月，九龙谷分别被国家林业局、国家旅游局批准为“福建九龙谷国家森林公园”、“全国农业旅游示范点”，并已成为“莆田市青少年科普基地”、“莆田市文学创作基地”、“莆田市教育摄影创作基地”、“省级水利观光园”。
2008年9月，国家林业局准予九龙谷国家级森林公园改变经营范围，将经营面积由林场许准[2006]928号批准的1526.49公顷变更为1091.5公顷。调整后森林公园由九龙谷、龟山寺和漈川三个风景区组成。
2009年9月成功完成了经营权转让，民营企业家许春生先生将斥巨资打造九龙谷AAAA级旅游景区。9月至10月底，新业主已投资200万元，其中：电路改造及变压器扩容50万元，接待设施及基础设施完善150万元。拟投资600万元，其中：铺设3公里公路300万元、修筑4各水坝200万元、装修接待综合楼100万元、总体规划及控制性规划编制100万元。2010年计划投资3000万元，进一步完善公园设施，同时加大宣传促销力度，提升公园品位和形象。目前，公园年接待游客约18万人次。
