国家民委直属高校
是指由国家民族事务委员会直属的民族高校，这些高校在一定程度上不受教育部门管辖，有6所。比较有名的有：中央民族大学，中南民族大学，西南民族大学
教育部直属高校
是指由教育部直接管理的高校，基本上都是211重点大学，有112所。
通常民委直属高校都偏向招收民族学生，且录取分数较低。
教育部直属高校分数要求比较高，通常都是高出各省一本30分以上。
论名气来讲，还是教育部直属高校要好些。
论实力，中央民族大学的实力比普通的教育部直属高校要强，其他的两个实力一般。
参考资料：http://zhidao.baidu.com/question/104775862.html