杨-M导弹的命中精度至少比SS-25导弹提高近一倍，达到CEP≤350m。而俄罗斯战略导弹部队称，白杨-M导弹的命中精度优于美国精度最高的MX导弹(CEP≤110m)。根据公开文献报道，白杨-M导弹的制导系统与SS-25导弹一样，为计算机控制的惯性制导或自动控制惯性制导。
如果白杨-M导弹应用了机动弹头技术，那么也就很可能应用了前苏联进行过飞行试验的战略弹道导弹机动弹头末制导技术。该机动弹头采用地图匹配精确制导体制，进行地图匹配的探测雷达是大功率毫米波雷达，雷达天线位于弹头侧边。雷达天线与弹头之间用导轨联接，天线与弹头分离时利用轴向力从导轨滑出，以防止产生影响弹头精度的脉冲干扰力。
机动末制导弹头和导弹母体的分离方式与一般惯性弹头相同，弹头飞行到120km高度时，雷达天线开始工作，利用打击目标附近(最大距离约100 km)特征显著的地形、地貌（如河流、湖泊、金属桥、铁塔等）实现目标地图匹配。目标匹配完成后，以高压气瓶为动力源的控制系统对弹头进行调姿和位置修正，然后抛掉弹上雷达天线及高压气瓶，此时弹头位于飞行高度约90 km的再入点。弹头再入后可直接飞向目标，也可进行突防机动飞行。不进行突防机动时，弹头的命中精度为CEP≤60 m，进行突防机动时，弹头命中精度为CEP≤100 m。
下面是机动末制导弹头工作流程：
a) 采用高压气瓶、液压作动筒移动铀238核装置的位置，即以改变弹头质心的方法产生机动飞行的控制力的控制力距，实现弹头的位置修正，弹头尾部还装有8个用于调姿的径向喷管。上述方法有利于保持弹头良好的空气动力外形，避免了采用空气舵方式所带来的许多问题。
b) 采用在大气层外进行目标特征匹配的雷达地图匹配制导技术。这种方法不仅避免了弹头高速再入大气层后形成“黑障区”对地图匹配造成的影响，保证了精度，而且还避免了在大气层内进行地图匹配所需的弹头拉平减速，提高了弹头的突防能力。
c) 可以根据弹头打击区域反导系统防御能力的强弱，预先装定机动程序调整机动范围的大小。弹头最大机动范围是在标准弹道中心直径5 km范围内，可进行纵向机动和侧向机动。该弹头比SS-18导弹所用纯惯性分导式弹头要重得多，质量约1 500～1 600 kg
