东莞市地方税务局设10个职能科（室）：
1.办公室
负责处理、协调局机关日常政务和档案、信访、保密、机关财务、督办等工作；起草和审核有关文件、报告、文电及其他综合性材料；组织局机关会议、税法宣传、税收调查研究、局机关和本市地方税务系统的办公自动化工作；制定局机关内部综合性规章制度。
2.人事教育科
负责管理权限内的领导干部和本级机关、直属单位的人事管理、外事管理、离退休人员的管理工作；制定全市地方税务系统干部教育规划，组织干部学历教育和岗位培训工作。
3.监察室（与纪检组合署办公）
负责执法教育、党风党纪和廉政教育；负责地方税务执法监察工作，受理检举、控告和申诉地方税务人员行政违纪和地方税务执法违法案件；负责本级机关并指导下属单位的纪检、监察工作；按干部管理权限承办干部离任审计；负责组织本级机关和下属单位的内部审计工作。
4.税政科
负责地方各税种（包括涉外地方税收）的征收管理工作；对地方各税种在执行中的有关政策业务问题进行解释和处理；拟定地方各税种在征收管理中的具体实施办法；负责地方各税种税收政策执行情况的检查；负责地方各税种税政问题的调查研究工作。
5.法规科
负责地方税收执法监督、检查；负责局内制定的税收规范性文件的合法性审查；办理税务行政诉讼和行政复议；指导本市地方税务系统的法制工作；负责税收政策调研和理论研究；指导本市税务学术团体的日常工作。
6.规费管理科
负责教育费附加、社会保险费、文化事业建设费等规费的征收管理工作；对其在执行中的具体业务问题进行解释和处理；拟定地方税务部门负责征收的各种规费在征收管理中的具体实施办法。
7.征收管理科
负责指导、检查和处理本市各级地方税务机关执行税收征管法律、法规、规章中的有关事项；负责制定本市地方税务系统综合性地方税收征管规定及制度；强化和完善征管手段；负责税务登记的综合管理与协调工作；负责发票管理工作；负责组织协调纳税评估工作；负责组织地方税收征管质量检查、考核。
8.计划财务科
贯彻落实上级下达的地方税收收入计划；编制、分配和调整年度地方税收计划以及检查、督促、分析计划的执行情况；汇总分析全市地方税收会计、统计信息资料和数据；监督检查地方税收会计、统计制度的执行情况；负责税源监控工作；负责全市地方税务系统税收票证的使用、管理和检查；指导和组织全市地方税务系统税收计划、统计、会计工作的开展；负责全市地方税务系统的经费、财务、装备和固定资产的管理、检查工作；监督执行系统财务制度，审核汇编局机关和直属单位的财务预、决算；办理经费的划拨。
9.信息管理科
负责本市地方税务系统信息化工作的规划、管理和指导；负责本市地方税务系统计算机信息系统的组织实施、运行管理和维护；负责本市地方税务系统计算机信息的技术处理和维护；为本市地方税务系统信息化工作提供技术支持和技术培训。
10.机关党委办公室（加挂基层工作科牌子）
负责机关和直属单位党务、工青妇工作；指导全市地方税务系统基层建设、思想政治工作和精神文明建设。
