一、性质不同
1、QS：QS是食品“质量标准“Quality Standard”的英文缩写，带有QS标志的产品就代表着经过国家的批准所有的食品生产企业必须经过强制性的检验，合格且在最小销售单元的食品包装上标注食品生产许可证编号并加印食品质量安全市场准入标志（“QS”标志）后才能出厂销售。
2、SC：sc是食品生产许可证编号中的生产的汉语拼音字母缩写。
二、施行时间不同
1、QS：2004年1月1日起开始施行。
2、SC：2015年10月1日起开始施行。
三、规定不同
1、QS：获得食品质量安全生产许可证的企业，其生产加工的食品经出厂检验合格的，在出厂销售之前，必须在最小销售单元的食品包装上标注由国家统一制定的食品质量安全生产许可证编号并加印或者加贴食品质量安全市场准入标志“QS”。
2、SC：食品生产许可证编号由SC（“生产”的汉语拼音字母缩写）和14位阿拉伯数字组成。3位食品类别编码、2位省（自治区、直辖市）代码、2位市（地）代码、2位县（区）代码、4位顺序码、1位校验码。
参考资料来源：
以前的食品生产许可是用QS表示，也就是“QiyeshipinShengchanxuke”的拼音缩写，获证企业会在包装标签上印刷那个蓝色QS标志。
15年10月，新的食品生产许可管理办法开始实施，就用SC替代了QS，SC许可没有任何标志，只是会在包装上印刷一串以SC开头的生产许可证号。
另外，新的食品生产许可管理办法还规定，QS可以用到18年9月30日，再往后，必须换SC。本回答被提问者采纳
一、为什么要取消QS认证
之前食品包装标注“QS”标志的法律依据是《工业产品生产许可证管理条例》，随着食品监督管理机构的调整和新的《食品安全法》的实施，《工业产品生产许可证管理条例》已不再作为食品生产许可的依据。因此取消食品“QS”：
是严格执行法律法规的要求；
是新的食品生产许可证编号完全可以达到识别、查询的目的；
是取消“QS”标志有利于增强食品生产者食品安全主体责任意识。
需要注意的是，2018年10月1日以后，带有“QS”标志的食品不会从市场上立刻消失，而是会随着时间的推移慢慢退出市场，这期间市场上带有“QS”标志老包装的食品和标有新的食品生产许可证编号的食品会同时存在。
二、SC认证是什么？
SC是“生产”的汉语拼音字母缩写，与QS一样是生产许可证。根据2015年10月1日开始施行的《食品生产许可管理办法》明确规定，新获证食品生产者不再使用QS标志，而是在食品包装或者标签上标注新的食品生产许可证编号“SC”加14位阿拉伯数字，从左至右依次为：3位食品类别编码、2位省(自治区、直辖市)代码、2位市(地)代码、2位县(区)代码、4位顺序码、1位校验码。
中文名：食品生产许可
释义：食品生产许可证编号
出处：《食品生产许可管理办法》
施行时间：2015年10月1日起
三、SC认证编号规则
sc编号由SC（“生产”的汉语拼音字母缩写）和14位阿拉伯数字组成。前3位数字为食品类别编码，具体为：第1位数字代表食品、食品添加剂生产许可识别码，阿拉伯数字“1”代表食品、阿拉伯数字“2”代表食品添加剂。第2、3位数字代表食品、食品添加剂类别编号。
其中食品类别编号按照《食品生产许可管理办法》第十一条所列食品类别顺序依次标志，即：“01”代表粮食加工品，“02”代表食用油、油脂及其制品，“03”代表调味品，以此类推……，“27”代表保健食品，“28”代表特殊医学用途配方食品，“29”代表婴幼儿配方食品，“30”代表特殊膳食食品，“31”代表其他食品。
食品添加剂类别编号标志为：“01”代表食品添加剂，“02”代表食品用香精，“03”代表复配食品添加剂。
四、QS认证域与SC认证的区别
食品流通许可证，是经营者销售预包装食品或者散装食品的资格证明文件， 食品生产许可证，是经营者加工生产食品的资格证明文件。 这两者是完全不同的证件，前者是流通领域的证件，后者是生产领域的证件。
SC区别于QS之处，总结为“五取消”“四调整”
“五取消”指：
一是取消部分前置审批材料核查；
二是取消许可检验机构指定；
三是取消食品生产许可审查收费；
四是取消委托加工备案；
五是取消企业年检和年度报告制度。
“四调整”指：
一是调整食品生产许可主体，实行一企一证；
二是调整许可证书有效期限，将食品生产许可证书由原来3年的有效期限延长至5年；
三是调整现场核查内容；
四是调整审批权限，除婴幼儿配方乳粉、特殊医学用途食品、保健食品等重点食品原则上由省级食品药品监督管理部门组织生产许可审查外，其余食品的生产许可审批权限可以下放到市、县级食品生产监管部门。
QS的法律依据是《工业产品生产许可证管理条例》，随着食品监督管理机构的调整和新《食品安全法》的实施，《工业产品生产许可证管理条例》已不再作为食品生产许可的依据。SC依据《中华人民共和国食品安全法》《中华人民共和国行政许可法》等法律法规制定。
本回答被网友采纳QS标志是质监部门发放工业产品许可证的标志，食品生产在2009（食品安全法颁布）-2013年曾经归属该部门管理，由于管理不善，2013年左右开始，国家将食品生产管理职能归属食品药品监督管理局管理至今，所以食品生产许可证由该部门许可，发放的许可证标志为SC，是生产的拼音缩写。
食品生产许可证编号由SC（“生产”的汉语拼音字母缩写）和14位阿拉伯数字组成。数字从左至右依次为：3位食品类别编码、2位省（自治区、直辖市）代码、2位市（地）代码、2位县（区）代码、4位顺序码、1位校验码。
秋龙仪器告诉你，其实区别不重要，重要的是SC代替了QS，以后不会在有QS认证
而且SC认证需要的出厂检验仪器会更多一些。