在道谷市右边的研究所内，你将遇到被熔岩团成员缠住的代后。与他们一起战斗，使用你前三只精灵。熔岩团的小头目和首领的队伍如下：
1. 火山骆驼 36级 和 大狼犬 42级
2. 火山骆驼 44级 和 双翼蝙蝠 40级
3. 大嘴蝠 43级 和 大狼犬 38级
代后的队伍包括：
1. NO.375 双臂恩古 42级
2. NO.227 巨鸟 43级
3. NO.306 钢甲暴龙 44级
战胜熔岩团后，代后会在道谷市左上角的屋子里给你秘传机08潜水。使用潜水前往127号水路，下潜并找到洞窟，里面有潜水艇。击败路上的水之团成员，深入洞窟，遇见水之团首领和海皇牙。通过特定的石头推动顺序通过海底洞窟后，与水之团首领战斗。他的队伍包括：
1. 大狼犬 41级
2. 大嘴蝠 41级
3. 巨牙鲨 43级
海皇牙在海皇牙战斗后逃离，水之团首领也离开了洞窟。离开洞窟，发现天气变化，并在路上遇到两个团的首领和代后。
前往126号水路，使用潜水在中间上浮，到达双鹿市。古拉顿和海皇牙在这里交战。与代后对话后，他让你进入觉醒寺。在觉醒寺找到Wallace，他让你去天柱找他。
游到131号水路，在中部拐向上方可抵达天柱。顶层遇见天空之龙后，可以飞回双鹿市。
回到双鹿市，等待天空之龙解决灾难，之后获得秘传机07登瀑，可以去挑战训练馆。
双鹿市训练馆的资料如下：
1. 水系训练馆
- NO.370 爱心鱼 41级
- NO.364 古拉海象 43级
- NO.340 鲶鱼王 41级
- NO.342 铁钳龙虾 43级
- NO.230 刺龙王 46级
使用登瀑到达精灵联盟前的冠军之路，需要使用秘传机03、04、05、06、07才能通过。在冠军之路第一层遇到道夫，他的队伍包括：
1. 七夕青鸟 44级
2. 超能女皇 45级
3. 双色玫瑰 44级
4. 卷耳猫 43级
5. 三合一磁怪 41级
通过冠军之路后来到精灵联盟，验证拥有所有徽章后，门卫将为你打开胜利之路。
四大天王和冠军的资料如下：
1. 天王1－Sidney，邪恶系天王
- 克制恶系的属性：格斗
- 被恶系克制的属性：超能、鬼
- NO.262 大狼犬 46级
- NO.359 阿布鲁梭 49级
- NO.342 铁钳龙虾 48级
- NO.275 天木狗 48级
- NO.332 梦歌奈亚 46级
2. 天王2－Pheobe，鬼魂系天王
- 克制鬼系的属性：鬼本身、恶、普通
- 被鬼系克制的属性：鬼本身、超能、普通
- NO.356 诅咒娃娃 48级
- NO.354 夜巨人 49级
- NO.354 夜巨人 49级
- NO.302 勾魂眼 50级
- NO.356 诅咒娃娃 51级
3. 天王3－Glacia，冰系天王
- 克制冰系的属性：火、格斗
- 被冰系克制的属性：草、飞行、龙
- NO.364 古拉海象 50级
- NO.364 古拉海象 52级
- NO.362 巨头冰怪 50级
- NO.362 巨头冰怪 52级
- NO.365 帝牙海狮 53级
4. 天王4－Drake，龙系天王
- 克制龙系的属性：龙本身、冰
- 被龙系克制的属性：龙本身（火、水、草、电等属性攻击龙均为半倍效果）
- NO.372 龙龙贝 52级
- NO.330 沙漠蜻蜓 53级
- NO.230 刺龙王 53级
- NO.334 七夕青鸟 54级
- NO.373 血翼飞龙 55级
联盟冠军－Wallace
- NO.321 飞船巨鲸 57级
- NO.350 美纳斯 58级
- NO.073 毒刺水母 55级
- NO.272 荷叶鸭 56级
- NO.130 暴鲤龙 56级
- NO.340 鲶鱼王 56级
战胜冠军后，成为新一届联盟冠军。Wallace会带你进入冠军殿堂，记录你的精灵。之后游戏通关。
通关后，回到家，爸爸给你一张船票，可以前往卡依市或阿田市。妈妈会让你选择蓝水督或红水督，选择后将在该地区遇到对应的水督。博士会帮你升级图鉴为386版，芳园地区可以使用金银版精灵。
坐船来到战斗乐园，这里是以前的战斗塔所在地。乐园有7种对战设施，具体不一一介绍。最右边有一棵奇怪的树，使用肥波鲸喷壶后会出现骗人树，40级。收服骗人树后，通过它所在的位置使用冲浪，一直往左可以进入洞窟，里面有大量的画画犬。
暂时离开战斗乐园，在119号道路的气象台所长那里得知某号道路（随机变化）的天气有异常状态，立即前往那条道路。如果那里是大晴天，寻找一个山洞，里面有古拉顿，70级；如果下大雨，找到可以潜水的小块水域，里面有海皇牙，70级。
去天柱，二楼需要用快速自行车冲过去（3格加速）。楼顶有70级的天空之龙。
看过电视后，在芳园地区的某条道路会随机出现红/蓝水督，40级。
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