在综合收入上，厦门作为一般副省级市，其行政单位的收入通常优于省直单位，而且厦门市直的待遇明显优于江西。即使在副厅级岗位上，厦门市直的正局级架构与江西的副厅级并无太大差别，但厦门市直的行政编制能享受到更高的福利待遇，如厦门副局级正处的待遇相当于副厅级，这在江西航道事务中心中是难以企及的。
晋升路径上，航道事务中心的内部晋升可能受到拨款类型和层级的限制，而厦门自然资源局的内部晋升机会则更为顺畅。例如，在厦门局的处室，行政编转参公编的竞争优势明显，使得处级主任副主任的晋升可能性更大。
最后，考虑到生活成本，厦门市直的房价和生活水平无疑更高，但这也需要一定的经济基础。对于经济条件较好、分数较高的申请人，厦门市直无疑是一个理想的选择。而如果家庭背景在江西较为强大，或者经济条件一般但学习能力强，江西的省直单位仍不失为一个稳妥的选择。
综上所述，从发展机会、待遇和生活品质来看，厦门市直在江西副厅级岗位的竞争中略胜一筹。不过，具体选择还需根据个人实际情况和期望值来权衡。