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在忍者学校是万年吊车尾的鸣人，终于得到伊鲁卡老师的认同而顺利毕业，并和同期毕业生佐助、小樱分配到同一小组。指导上忍卡卡西为了培育鸣人他们的团队合作精神而在生存训练中设下各种考验，最终判定他们合格，也使得鸣人他们学习到了团队合作的重要性。
而卡卡西小组收到任务，保护造桥专家达兹纳回到波之国。但在任务途中，他们遭到雾隐村的叛忍桃地再不斩的攻击，这也成为了他们的第一次实战。
鸣人他们完成任务回到村子，卡卡西推荐他们参加即将举办的中忍考试。考试会场中强手云集，而在考试过程中，鸣人他们遭到原属木叶隐村、已经叛离村子的大蛇丸的攻击，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。
鸣人在正式考试的第一场击败了自称天才的日向宁次，向大家证明了自己的实力。但在考试中途，音忍和砂忍们开始向木叶隐村发动攻击，考试也被迫中止。大蛇丸向第三代火影发起挑战，在一场激战过后，第三代火影牺牲，而大蛇丸也付出了失去两只手臂的代价，被迫撤退。
木叶隐村由于大蛇丸的阴谋而受到极大的损伤，就在此时，已经叛离木叶的宇智波鼬突然现身。鼬是佐助的哥哥，曾经诛灭宇智波一族而离开村子，这次他与雾隐村的干柿鬼鲛一同来到木叶，似乎是以鸣人体内的九尾作为目标，并且是受到名为“晓”的组织的命令。
大蛇丸找到纲手，希望她能治疗自己的双手，并提出可以让她再次见到她最重视的两人的条件。纲手为此犹豫不决，这时鸣人和自来也找到了她。纲手对继任火影一事心灰意冷，但她看到鸣人为了成为火影的梦想而刻苦修行的样子，也逐渐改变了想法。最后大蛇丸离开木叶被逼退，纲手跟随自来也和鸣人回到木叶，成为第五代火影。
佐助为了得到最强的力量以向鼬复仇，而离开了村子去找大蛇丸。鸣人、鹿丸等人结成五人小队前去追赶佐助，途中分别与音忍四人众以及随后赶到的君麻吕展开战斗，期间得到了砂隐村援军的助力，好不容易才将敌人一一击败。之后鸣人为了变强而与自来也外出修行。