独立院校与民办学院在设立、举办方、办学位次、毕业证、学费等方面有区别。区别如下：
1、设立：民办高校是按照民办教育促进法设立的，而独立学院是教育部行政规章设立的。独立学院一定是本科，而民办高校专本科都有。
2、举办方：独立学院的举办方一定是普通高校，合作方是社会力量，而民办则只有社会力量作为举办者，这是区分两者的最简单的点。
3、办学位次：独立学院一般设在某个大学名下。比如山西大学商务学院，海南大学三亚学院等，这些学院，可能和挂名的大学同在一个校园，也可能有师资等方面的共享和交流，而民办学院没有这方面的优势。
4、毕业证：民办院校就是自己独立存在的，与其他院校是没有任何关系的，所以在民办院校的毕业证书上面就是该校的校名。而独立院校因为是与其他关联的公办高校有关的，所以说在独立院校的毕业证书上，都是存在关联院校校名的。
5、学费方面不同：这一点的差距也是比较明显的，很多的独立院校在学费方面是低于民办院校的。但与普通公办院校相比较的话，还是公办院校比较便宜，而独立院校只是处于公办与民办之间的费用。
国内值得学生选择已经转设成为“公办”的独立院校有：
1、浙大城市学院：这所大学之前是浙江大学的独立学院，校名就是“城市学院”，而现在已经转设成为公办本科大学了，该校的名气依然没有变小，毕竟浙江大学的实力还是大家有目共睹的。但是这所浙大城市学院的录取分数线可是不低的，当然了，学校的实力还是非常不错的。
2、浙大宁波理工学院：这所大学原来是浙江大学宁波理工学院，同样也已经转设成为公办的本科院校，实力也是比较雄厚的，师资与教学资源也都非常的优秀。
3、新疆科技学院：这所大学原来是新疆财经大学的商务学院，而新疆的财经大学也是新疆唯一一所财经类的高等院校，这所大学的历史是比较悠久的，教学实力也非常的强。
但是这所大学转设的并不是财经类的大学，而是科技学院，但该校可以被成功转设成为公办类的院校，也是可以证明它的实力了。