1、开不开AT力场，是跑步还是走路所消耗的能量应该是不同的，那为什么在断了电缆后EVA的活动时间不管怎样活动都是5分钟？
2、月球上没有空气，诸熏的讲话我们怎么听得到？
3、在序的结尾，诸熏在与Seele的“石碑”对话时，按道理来说，地月之间的距离有38万公里，无线电波一个来回需要三秒左右，那他们如何像影片中那样“及时”地对话？
4、据说使徒来自月球，那那些不会飞的使徒怎么来到地球的？为何人类不能在它们刚飞出月球时就侦察到？
5、力使徒进攻时，NERV处于全面防御阶段，该关的装甲门都关了，而当时真治已经被驱逐出了NERV，什么通行证、指纹识别的数据都被吊销了，无法进入NERV（当时力使徒还没打到指挥中心那儿，那儿还完好），他怎么进入NERV的并驾驶初号机的？
6、力使徒厉害到可以将天顶上的所有建筑物震下来的地步，但当时地下都市还十分亮，由此可见地面负责向地下反光的反光塔没坏，那为什么反光塔可以幸免？
7、打雷使徒、力使徒这两个AT力场很牛逼的使徒时，为啥不使用朗基努斯枪？反正当时在地面上，用完了也可再插入LiLith体内。
8、在破中N2爆雷似乎威力不一样。在地表时十几枚N2爆雷攻击力使徒，不但力使徒懒得开AT力场，而且其破坏力连周围的城市都没炸掉（当时力使徒飞行的高度相当低了，从铃原东二那个角度可以看得出来），而后来零号机“送给”力使徒一枚N2爆雷时，力使徒急得AT力场大开，其后的爆炸威力也差不多炸平了整座地下都市。9、诸熏作为第17使徒，他是怎么把自己变成人类的，而且是通过依靠人类父母生成DNA的受精卵，完全以人类方式发育而成的？10、NERV总部在巨大的地下空间里，可要形成这么大的空间，别说普通岩石，就算钢筋混凝土也会因为巨大的压力而垮塌。那那个地下空间是靠什么材料支撑起来的 ？11、EVA为什么每台机的造型都不同？12、为什么EVA中只有初号机能暴走？13、EVA中使徒为啥不从EVA弹射口进入NERV？为啥每次打EVA不瞄着电缆打？14、每次使徒光顾后，NERV咋重建的这么快，造房子的速度跟堆积木差不多？15、EVA中的雷使徒、力使徒等使徒是靠什么浮在空中的？看起来可不像是用AT力场。16、雷天使连初号机要从弹射口出来都知道，大白天人们在建造阳离子枪狙击平台却不知道？17、为什么不修复三号机？ 18、Seele这伙人在哪里？（每次都以“石碑”露面，而不给出他们所处地点