1.剑圣不让李逍遥和林月如去救赵灵儿，这是李逍遥和林月如应该走的道！结果他们去了。林月如死了。可是林月如为了李逍遥却和他一起去找灵儿，李逍遥为了能救灵儿或见一面。却违背了剑圣所指的应该走的道。而月如对李逍遥的爱和李逍遥对赵灵儿这份真挚的爱，问剑圣：“你能明白吗？”
2.李逍遥知道赵灵儿是女娲的后人，却一起陪在身边和她一起生死与共。而剑圣为了走自己的道，要使自己得道，却离开青儿，让她独自去南诏国同皇帝成亲。去完成了所谓青儿该走的道：就是同拜月教主拼杀。所以李逍遥问剑圣：“你明白吗？”意思就是：你明白这份真挚，至死不渝的爱吗？含义直接表露：就算你现在得道又怎么样，还不是一无所有。连一份真挚的爱都没有。
暗中指责了剑圣，如果不是你所谓的道，当日的青儿会死吗，当日的月如.阿七.灵儿，众多的人，会无辜地牺牲吗？身为蜀山掌门而不管人世。
我觉得知乎这个答案更好
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“你明白吗？”----面对同样经历过女娲命运的"剑圣"，逍遥选择面对真爱，与子偕老；
而当年的"独孤"领悟天道，却也割舍了自己的挚爱青儿（灵儿的母亲）。
“爱”的选择本是一件不易的事，尽管剑圣了解他的事，但他永远只是个旁观者，我们也一样，无法感受到李逍遥那种刻骨铭心的痛...
李逍遥心中的苦，只有他自己才知道，只有赵灵儿才知道。最后一句:你明白吗? 这是话本事全剧的总结,导演是想营造一种意境,一种让人去悟的意境,一切的因果,一切的为什么,都包含在拉这一句中：
你明白为什么会产生这样的结果嘛?
你真的明白自己的道拉嘛?
你明白我的痛苦嘛?
你明白我为什么会选择这样痛苦的活下去嘛?
你明白了吗？
......
看似寥寥的四个字，却包含了太多太多。朝若青丝暮成雪，当尘埃都化作一阵微风散去的时候，他也只剩下道不尽的沧桑。
他问剑圣“你明白吗”，问得不是为什么最后独自留下来的是自己，不是自己曾经那样的努力过，却依然了不能和灵儿执手白头，也不是眼睁睁的看着月如的芳魂葬在锁妖塔下，自己无能为力的无奈。他是问，同样经历过女娲天命的剑圣对于当初所作的决定明白了吗。
曾经，爱上青儿的剑圣在天下大义的面前退缩了，他选择了苍生，放弃了自己的最爱，在所谓的天道中大彻大悟。而逍遥，面对同样的女娲天命，他选择了面对。或许在剑圣看来，逍遥做作的一切都是徒劳，一切皆是天命。他将这红尘看的太透，事情还未发生变已经知道结果。所以他错过了太多太多，世间的至情至爱他不曾体会，当然也不会懂。
看似逍遥选择的是条不归路，到最后至爱的人都永别人世，但爱过了，就不后悔，虽然那痛会痛彻心菲，却是为了彼此更深刻的铭记。
最后，一切谢幕的时候，沧桑的逍遥问剑圣，你明白了吗？你明白这上达九天的爱了吗？你可以体会我的心情吗？这种爱过便不后悔的心痛？
“爱”的真义非经历不能明白! 放手去爱吧