电子商务公司运营可能会面临以下五个问题：
一、法律合规方面：
首先要明确本地的各项行业相关法律。许多电子商务公司是外资企业，应用国际法。下面两点要注意：
1、公司是否对潜在的风险拥有较为完整的认识和应对方案。
2、公司的各项纳税是否符合规范。
二、数据管理&财务问题：
电子商务公司的业务基于线上交易平台，经营者应该弄清楚，每笔交易的发生流程。消费者下单后，会产生订单、运单、支付单等许多交易相关数据。每笔交易的每个环节中，任何一个小的疏失，都有可能对公司财务形成影响。
三、与物流合作商保持良好关系：
每笔订单产生后数据都会被发送到物流合作商那儿，然后对应一系列的物流动作。
1、管理好物流相关数据。
2、谈判物流合作价格，包括在商品重量、运送时效等问题上达成一致。
四、管理好卖家：
电子商务平台上非常重要的一个组成部分就是卖家。
1、对卖家进行注册管理、分类、及时更新数据。
2、确立卖家行为条例。
3、明确退货、退款等条例。
五、库存核算：
库存管理对一家电子商务公司的成败有很大影响。