有四个备选城市，按照轰炸优先顺序，4个目标依次是广岛、小仓、新泻和长崎。
——————以下是详细资料——————————
在战略航空兵参谋长诺斯塔德准将最初开列的潜在目标清单上一共包括17个日本城市：本州岛上的东京、大阪、名古屋、京都、广岛、新泻、滨松、岛田、敦贺、四日、柏崎、大垣、日立、宇部；九州岛上的小仓；四国岛上的德岛、宇和岛。
来自曼哈顿工程区的4个主要负责人和3名陆军航空兵的专家在1945年5月2日组成的目标特别委员会最终选定的城市（按轰炸的优先顺序排列）是：1、小仓，2、京都，3、广岛， 4、新泻
后因遭到史汀生强烈反对，京都被排除轰炸名单，以长崎代替。
1945年7月23日，马歇尔赴波茨坦开会期间代理参谋长的汉迪将军签署了最后的书面命令：“致美国陆军战略航空兵指挥官卡尔·斯帕茨将军：1、空军第20联队第509混合大队大约在1945年8月3日以后，当气候条件允许进行目视轰炸时应立即将第一颗原子弹投到下列目标之一：广岛、小仓、新泻和长崎。 ……”
参考资料：泡泡俱乐部社区 - [转载]原子弹是怎么扔到日本头上的-纪念原子弹轰炸日本