携带的神奇宝贝
◆皮卡丘（第001话）
·特性：静电
·技能：电击、十万伏特、打雷、电光一闪、铁尾、高速移动、伏特攻击
·小智最初的伙伴，具有顽强的性格，不愿意进入神奇宝贝球也不愿进化，起初与小智并不友好，在与烈雀的战斗中和小智建立了坚不可摧的友情。在皮卡丘离开小智的时候，它就负责起照看其他神奇宝贝的任务。除了小智一行人的神奇宝贝外，最要好的朋友就是一对皮丘。最初在EP001中出现。
◆姆克儿（DP第002话）→姆克鸟（DP第013话）→姆克鹰（DP第118话）
·特性：锐利目光→威吓→威吓
·技能：电光一闪、啄、回转攻、烈暴风、翅膀攻击、神鸟特攻、近身打
·在DP002中首度出现，在寻找皮卡丘的时候，长尾怪手意外伤害了一只姆克儿，因此愤怒的姆克儿袭击了长尾怪手。被小智收服后，它也加入了寻找皮卡丘的行列。 DP013中， 姆克儿保护了森林中的飞行神奇宝贝，进化成了姆克鸟。在DP0118话中，小智和姆克鸟参加了神奇宝贝圆环大赛，在与真嗣的对决中进化为姆克鹰。
◆嫩苗龟（DP第005话）→树林龟（DP第100话）
·特性：茂盛
·技能：咬咬、光学合成、冲击、飞叶快刀、能源球、攀岩
·在DP005中首度出现,一开始皮卡丘就被火箭队给抓走了，小智在追赶途中不慎出现意外.而一只嫩苗龟救了皮卡丘. 另一面,小智被雪野救了,从她口中知道了草苗龟的事情,觉得这只草苗龟可爱与实力并存,皮卡丘回来的时候,小智在雪野的提议下收服了草苗龟。在DP100中于真嗣的乌鸦头头交手时进化，但是却因为无法使用以前战斗方式而苦恼，当天晚上真嗣的土台龟教授了新的作战方式。
◆小火猴（DP第051话）→猛火猴（DP第132话）
·特性：猛火
·技能：火花、火焰车、喷射火焰、挖地洞、搔痒、音速拳
·原本是真嗣的神奇宝贝。在DP050中,小智和真嗣建立起搭档关系分别使用皮卡丘和小火猴参加双人合作赛大会。在DP051中，小智和真嗣晋级了半决赛，可是，小火猴的战斗状态却怎么也调整不好，面对这种状况，真司十分失望,便将小火猴放生！见此状况，目睹了一切的小智说着‘一起旅行变强吧’，将小火猴收服了。在DP052的总决赛，小智用小火猴参赛并获胜，得到安逸铃铛。其后在dp132与真司的战斗中,进化成猛火猴。
◆泳气鼬（DP第054话）
·特性：轻快
·技能：音爆、喷射水柱、水枪、水波动
·在DP034中，小智一行人去河边钓鱼，碰到专门通过战斗抢走钓竿的泳气鼬，后被小光收服。在DP055中，由于喜欢精灵对战而和喜欢华丽大赛的长尾怪手进行交换，给了小智。
◆天蝎（DP第063话）→天蝎王（DP第084话）
·特性：不明
·技能：飞沙脚、钢翼、剪刀十字拳、噪音、连续切、火焰牙
·在DP064中，因为喜欢小智所以跟小智一起去旅行,超级贪吃，多次都因为贪吃而落在队伍的最后面，但每次因为飞不好都一定摔到小智身上,不过有时它的落后还挺有用的。DP70中首次知道其招式,在DP85因为被火箭兵团捉去,接着小智带天蝎逃走时因为有小茂提供的尖锐之牙而进化。
寄放的神奇宝贝
◆妙蛙种子（第010话）
·特性：茂盛
·技能：冲击、寄生种子、藤鞭、飞叶快刀、催眠粉、阳光烈焰
·小智在EP010中得到的神奇宝贝，是继皮卡丘后在小智手上最久的神奇宝贝。在不思议花园中，妙蛙种子拒绝了进化。在EP226中，妙蛙种子回到了真新镇成为维持周边神奇宝贝和谐相处的守护者。妙蛙种子获得过草系神奇宝贝锦标大会亚军。之后更曾参加城都联盟和对战开拓区的比赛。顺带一提的是,妙娃种子是唯一曾在丰缘地区出现过的神奇宝贝。
◆大钳蟹（第013话）→巨钳蟹（第076话）
·特性：不明
·技能：瞪眼、泡泡、剪断、践踏、破坏死光、螃蟹拳、硬梆梆、水枪
·小智在EP013收服的第七只神奇宝贝，一收服就被传送回大木博士研究所，个头要比小茂的大钳蟹小得多。在EP076中因打倒多武的椰蛋树进化成为巨钳蟹，与大木博士的感情似乎比小智还要好,可能因为小智比较少用它,只用过三次。
◆臭臭泥（第030话）
·特性：不明
·技能：泰山压顶、臭泥炸弹、拍击
·在EP030之前是破坏发电厂的臭泥首领。小智收服它后，经常和大木博士及其他人黏在一起。喜欢压住其他人和神奇宝贝。
◆肯泰罗×30（第035话）
·特性：不明
·技能：角撞、猛撞、地震、地裂、影子分身
·在EP035中野生原野区收服的神奇宝贝，喜欢快速奔跑。参加过橘子联盟、城都联盟与对战开拓区的比赛。
◆卡比兽（第095话）
·特性：不明
·技能：睡觉、铁头功、急冻拳、百万吨拳击、破坏死光、冲击、泰山压顶
·小智在EP095中收服的大胃王，非常特别，是一只懂得游泳（而且是蝶泳），而且速度亦比同类快的卡比兽。在橘子联盟决赛之前，卡比兽一睡不起，结果小智将它跟一只肯泰罗交换，往后就留在了大木研究所。后来它参加过城都地区的神奇宝贝相扑大会，并获得优胜，结果一下子吃光了奖品一年的食物。后来卡比兽还参加过城都联盟道馆比赛及白银大会和挑战对战开拓区的比赛。
◆赫拉克罗斯（第120话）
·特性：不明
·技能：角撞、疯狂攻击、忍耐、冲击、猛撞、兆幅音频、闪光
·小智在EP120收服的神奇宝贝，喜欢吸食树枝和妙娃种子身上树汁，多次参加道馆赛和联盟比赛，之后在EP147中因为小智要参加肯泰罗对打大赛而被传送回大木博士研究所中。后来还参加对战开拓区的比赛。
◆菊草叶（第127话）→月桂叶（第200话）
·特性：茂盛
·技能：飞叶快刀、藤鞭、泰山压顶、甜气、冲击
·在EP127小智收服的神奇宝贝，它喜欢小智，并妒忌皮卡丘总是能够生活在神奇表神奇宝贝球以外。在EP200中逃脱火箭队后进化成了月桂叶。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。
◆火球鼠（第142话）
·特性：猛火
·技能：冲击、电光一闪、烟幕、高速星星、高速移动、喷射火焰
·在EP142中与一名训练家比赛后，被小智收服。刚开始的时候，火球鼠的火焰技能锻炼地并不好。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。
◆小锯鳄（第152话）
·特性：激流
·技能：水枪、鬼脸、咬咬、火箭头槌、铁头功、劈开
·在EP152中，小智与小霞同时扔出了诱饵球收服了一只小锯鳄，小智通过神奇宝贝战斗战胜小霞得到了小锯鳄。它十分喜欢跳舞，而且他的跳舞有助于战斗。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。
◆猫头夜鹰（色违）（第155话）
·特性：不明
·技能：催眠术、念力、冲击、啄、识破、烈暴风
·在EP155中收服的神奇宝贝，具有异样的颜色，是罕见的色违神奇宝贝，智商非常高，小智收服它时已经十分吃力。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。
◆小小象（第231话出生）→顿甲（AG第???话）
·特性：捡拾→坚实
·技能：催醒、滚动、猛撞、秘密力量、破坏死光、地震、防卫卷
·在EP229的神奇宝贝劲速赛获得优胜后，小智得到了小小象的蛋，它十分喜欢玩耍。前往丰缘地方时，小智将它留在了大木博士的研究所。在对战开拓区的旅行中，小小象又回到了小智的队伍。AG154中为了从火箭队手里救出皮卡丘进化成为顿甲，并成为打败对战设施的重要力量，在前往新奥地区时小智再度将它留在了大木研究所。
◆傲骨燕（AG第004话）→大王燕（AG第080话）
·特性：毅力
·技能：啄、回转攻、翅膀攻击、电光一闪、影子分身
·原先是傲骨燕群的首领，AG004中偷走小智一行人的食物并与小智战斗，最终被小智收服。在AG080的神奇圆环比赛中进化成大王燕并取得优胜，在前往新奥地区时小智将它留在了大木研究所。
◆木守宫（AG第007话）→森林蜥蜴（AG第066话）→蜥蜴王（AG第161话）
·特性：茂盛
·技能：拍击、电光一闪、种子机关枪、叩打、刀叶、阳光烈焰
·原先是巨大树上生活的一群木守宫之一，AG007中小智与它一同保护巨大树并与它战斗，后来将它收服。它有些叛逆，且总是嘴里叼着一个树枝。在AG066与吼爆弹的战斗中它进化成为森林蜥蜴。进化后它喜欢独自静静地坐在一个地方。AG161中保护喜爱的大菊花时进化成为蜥蜴王，而后丧失了一切技能。在恢复后，蜥蜴王变得十分强大，在前往新奥地区时小智将它留在了大木研究所。
◆龙虾小兵（AG第023话）
·特性：没有
·技能：螃蟹拳、泡沫光线、泡泡、硬梆梆、挖地洞、剪断
·AG023中以海边的捣蛋鬼登场，在小智发现并与之战斗后收服了它。龙虾小兵很有个性，并有一点嫉妒之心，在前往新奥地区时小智将它留在了大木研究所。
◆煤炭龟（AG第058话）
·特性：白雾
·技能：喷射火焰、铁壁、重击、泰山压顶、燃烧殆尽、热风
·在AG058中，煤炭龟被一群钢系神奇宝贝袭击，小智指导他打败了钢系神奇宝贝。煤炭龟无论是高兴还是悲伤总喜欢大哭。在AG132中小智将它留在了大木博士的研究所。
◆雪童子（AG第108话）→冰鬼护（AG第122话）
·特性：不明
·技能：冷冻风、急冻光线、影子分身、铁头功、粉雪
·在AG108中，伊扎贝岛的一只雪童子偷走了小智的徽章盒，在暴风雪中小智拼命保护雪童子，后来加入了小智的队伍。小智不断训练它急冻光线，在AG122的一次训练成功后，它进化成为冰鬼护。在AG132中，小智将它留在了大木博士的研究所休息。
◆小火龙（第011话）→火恐龙（第043话）→喷火龙（第046话）【第135话受训】
·特性：猛火
·技能：喷射火焰、燃烧殆尽、地狱滚动、地球上投、龙之怒、旋风、愤怒、火花、猛撞、冲击、飞翔、龙吸、火箭头槌、火焰漩涡、钢翼
·小火龙本是被另一位训练家抛弃的神奇宝贝，EP16中小智在雨中搭救使得小火龙最终加入了小智的队伍，在 EP042中打败椰蛋树军团后进化为火恐龙。进化后，火恐龙开始有些不听话，在EP045中，为了与化石翼龙决斗,火恐龙强迫自己进化成了喷火龙。随后喷火龙便不再听从小智，并因此使小智在神奇宝贝联盟石英大会的八分之一决赛时输给了阿弘。在EP106曾经在橘子群岛被冰冻，小智的悉心照料终于感动了喷火龙。喷火龙也成为了小智的主力。在EP135中，为了让喷火龙更好的修行，并让它成为全世界最强的喷火龙,小智将它留在了喷火龙山谷。其后在烟墨道馆快暴龙暴走事件及道馆比赛、城都联盟白银大会、对战工厂的比赛和对战金字塔的比赛中，喷火龙都有出现，并发挥了重要作用。在结晶塔之帝王中，更曾与炎帝（未知图腾制造的环境，并非真实的炎帝）较量过,现在跟喷火龙山谷的负责人纪柯的喷火龙莉莎谈恋爱。
◆杰尼龟（第012话）【第148话安置】
·特性：激流
·技能：冲击、水枪、泡沫光线、高速回转、缩壳、火箭头槌、水炮
·它本是在枯叶市附近制造麻烦的杰尼龟军团之首，在EP012中被小智收服。以它为首杰尼龟消防队曾经制造过许多麻烦，后来从良成为杰尼龟消防队。在EP148的神奇宝贝消防大赛中，遇上杰尼龟消防队，之后便返回队中。之后曾经回来参加城都联盟和对战开拓区的比赛。
曾经拥有的神奇宝贝
◆火爆猴（第025话）【第029话转让】
·特性：不明
·技能：百万吨飞腿、手刀、地球上投、疯狂乱抓、搔痒、横冲直撞
·EP025，小智初次遇到它还是一只猴怪，为了追回帽子，小智用各式各样的方法,但不成功。其后火箭队的小次郎用脚把猴怪踢得很远,其后猴怪突然进化成火爆猴,为了追回帽子,小智与它战斗，并收服了它。火爆猴起初并不听从小智的命令。在EP029的P1杯格斗大赛中，小智对火爆猴的救助最终感动了他。后来小智决定让它留下来接受训练，成为真正的P1冠军。
◆比比鸟（第003话）→比雕（第082话）【第082话野放】
·特性：不明
·技能：冲击、啄、烈暴风、飞沙脚、翅膀攻击、旋风、电光一闪、舍身攻击
在EP003中，小智收服的第二只神奇宝贝，在关东地区的旅行中，比比鸟参加了一系列的道馆和联盟的比赛。EP082中，它为了保护常磐森林的波波和比比鸟进化成了比雕，并打败烈雀与大嘴雀群，并离开小智。
◆绿毛虫（第003话）→铁甲蛹（第003话）→巴大蝴（第004话）【第015话交换*2】【第021话野放】
·特性：磷粉→脱皮→复眼
·技能：冲击、吐丝、硬梆梆、睡眠粉、麻痹粉、毒粉末、旋风
·在EP003时，小智第一个收服的神奇宝贝。它喜欢小霞，但小霞却讨厌虫。在阻止火箭队的袭击中，它进化成了铁甲蛹。很快在EP004打败大针锋后进化成了巴大蝴。曾在EP015中与一个训练家的拉达交换，但后来又换了回来。在EP021中，它与一只粉色的雌性巴大蝴邂逅，并离开了小智。
◆拉达（第015话）【当集交换】
·技能：愤怒门牙
·EP015中，小智参加了圣安奴号上举办的大会，并将巴大蝴与一个训练家的拉达交换，后来小智又换回巴大蝴。
◆乘龙（第085话）【第114话野放】
·技能：水枪、急冻光线、冲浪、泰山压顶
·EP085中，小智为了拯救它并使他和家人团聚而收服了它。乘龙帮助小智一行人在橘子群岛间旅行，并参加了道馆赛和橘子联盟胜利者杯的比赛。 EP114中，小智将它送回了家人身边。EP258在城都联盟的旅行中，小智又一次遇到了乘龙,现在已成为乘龙群的队长。
◆大针蜂（EP第162话）【当集转让】
·技能：双针
·小智在参加神奇宝贝捕虫大会中捉到，因为奈奈喜欢黑黄条纹相间的神奇宝贝，便将大针蜂送给了奈奈。
◆金鱼王
·在EP169小智参加金鱼王钓鱼战斗中临时拥有。
◆长尾怪手（AG第181话）【DP第055话交换】
·技能：高速星星、影子分身、集中猛击、双重攻击
·在AG178中偷走了小智的帽子与小遥的缎带纪念勋章盒，后来上演了多次恶作剧。在AG181中被小智收服。在AG191中，它决定跟随小智去神奥地方。在DP055中，由于喜欢华丽大赛而与喜欢神奇宝贝对战的小光的叉尾浮鼬进行交换。
曾经使用的神奇宝贝
◆鬼斯通（第023话）【第024话转让】
·技能：舔舌头
·EP023中，小智为了再次挑战金黄道馆，来到了紫苑镇的神奇宝贝塔，在和小智玩耍一会儿后，它同意与娜姿的勇吉拉战斗。但EP024回到金黄道馆后鬼斯通却不见了。小智只好拿出皮卡丘应战，在对战中，鬼斯通跑来戏弄勇吉拉与娜姿，并把他们弄得哈哈大笑，小智也因此赢得了比赛。最终小智决定将它留在金黄道馆与娜姿生活在一起。
◆小火马→烈焰马
·原为参加保护区赛跑大会的神奇宝贝,但其主人因为有人暗算的关系而受伤,为了报仇,小智便借用小火马来参赛,途中再次被人暗算,它以其特别的坚耐,终于进化成烈焰马,并为小智赢得冠军。
◆由基拉（空木博士暂寄 第259话出生）【第265话野放】
·原来是盗猎者偷走的神奇宝贝蛋，小智在EP259中得到了这颗神奇宝贝蛋，孵化成由基拉后，它十分惧怕人类。小智受到空木博士的委托，在EP265把它带回了白银山，最终也使它消除了对人类的畏惧。
◆可达鸭 (小霞的) 小智参加消防神奇宝贝大赛时借用的,但当中因为自己走入火场要队友相救而令他们输於臭臭泥队。参见ep148
◆海星星 (小霞的) 小智参加消防神奇宝贝大赛时借用的,参见ep148
◆利欧路
·能使用"波导弹"的特殊利欧路。小智一行人和神奇宝贝保育家护送它逃离盗猎者的魔爪，最后研究所人员将它接走。参见DP71.72
◆雷丘
·小智在参加神奇宝贝暑假研修班时所抽到的神奇宝贝，将陪伴小智完成整个课程，起初雷丘胆小，没自信。但在小智的鼓励下变得自信。参见DP88。(绝招:十万伏特、挖地洞、影子分身)
◆跳跳猪
·小智在参加神奇宝贝暑假研修班时所抽到的神奇宝贝，在帮助小智通过铁人三项赛里的跑步。参见DP91。
◆萤光鱼
·小智在参加神奇宝贝暑假研修班时所抽到的神奇宝贝，在帮助小智通过铁人三项赛里的游泳。参见DP91。
◆沙瓦郎
·暂无
◆3D龙
暂无
◆阿柏怪
·小智参加神奇宝贝鉴定考的时候临时获得的神奇宝贝，帮助小智战斗。参见EP55
◆双弹瓦斯
·同上
◆喵喵
同上
◆咕咕
·小智来到迷惑森林用咕咕带路走出迷惑森林.参见EP122
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