1、办公室
协助局领导协调各科室工作，负责局机关文秘、综合性重要文件草拟工作，承办会务工作；负责局机关人事、机要、保密、档案、信访、接待等工作；负责局机关规章制度建设、目标考核和重要事项督办工作；负责政务信息工作，负责并指导全县农机水利系统新闻宣传；负责水利农机科技工作，局对外经济技术合作与交流工作；负责在职人员培训和专业技术人员继续教育工作；管理机关事务和负责机关离(退)休职工管理工作；承办局党组和局领导交办的其他工作。
2、规划建设科
负责组织编制全县城乡防洪、水资源、供水、用水、节水、排水、污水处理及回用等水务综合规划和专业规划；负责组织编制水务年度计划；负责有关经济社会发展、城镇总体规划及其他重大建设项目的水资源论证和防洪论证；负责新建、扩建、改建水务工程及病险水利工程除险加固立项、可研、初设等前期工作；负责县级审批的水务工程项目可研、初设审查工作；负责编制、审查或转报水利基本建设项目建议书、可行性研究报告、初步设计；负责水务工程建设的行业管理，监督、管理和规范水务工程建设市场，组织实施水利行业技术质量标准及水利工程勘测、设计、施工规范和规程；负责组织实施小(一)型水库及其以上水利工程、防洪工程的新建、扩建、改建、配套、除病加固等建设工作。
3、水土保持科
负责组织实施《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国水土保持法》及其配套法规和规范性文件；组织编制水土保持规划，治理水土流失项目建议书、可行性研究报告、初步设计、施工图设计，并上报国家和市有关部门；组织实施水土流失治理和预防监督；组织审查建设项目水土保持方案并监督实施，依法征收水土保持设施补偿费和水土流失防治费。
4、水利科
贯彻实施水利工程管理法律法规和规章，归口管理全县已成水利工程，调处农业用水纠纷；负责中型和小(一)型水利工程的管理。指导镇水利农机站搞好水利农机管理工作；编制全县农田灌溉、农业用水调度、水利工程水费征收计划，并组织实施；负责小(二)型及其以下水利工程新建、扩建、改建、除险加固项目的审查和建设管理，以及水利工程管理范围内建设项目的审查工作；负责农业节水工作，组织实施农业灌溉节水增效项目建设；负责水库管理人员、农机操作人员的业务技术和技能培训工作；指导全县农田水利基本建设工作，负责小水电站管理指导工作。
5、财务科
负责水利农机行业财务、会计管理，指导水利农机基层单位搞好财务会计工作；编制财务预算计划和财务决算报告；管理水利农机项目资金、行政事业收费资金；负责本县水利农机系统内部审计工作；负责水利农机专业统计和社会统计工作；负责水利农机国有资产保值增值工作；负责机关财产管理。
6、供水排水管理站
负责城镇供水、排水、生活污水处理的管理工作，管理指导农村人畜饮水、工作，负责组织编制农村饮水安全规划，组织实施农村饮水安全项目；负责实施城市排水许可和排水监测工作，组织城镇供水，排水与生活污水处理设施的建设和管理；负责供水企业的资质审批和二次供水的行政管理；负责全县节约用水工作；负责生活污水处理费的征收、使用和管理工作；对涉水企业进行行业管理。
7、水资源科
统一管理本地区水资源(含空中水、地表水、地下水)、河道砂石资源和水能资源，实施取水许可制度，编制发布水资源公报，管理地热水、矿泉水；拟定城乡水资源保护规划，组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；审查区域内江河、湖泊、水库管理范围内排污口的设置(包括新建、改造、扩建排污口)；组织开展水资源的调查评价，依法开展地下水资源的勘测。实行最严格水资源管理工作、水源涵养及水资源保护工作。报送水资源公报、水资源管理年报等水资源相关报表。
8、水行政执法大队
依法征收水资源费，对辖区内违反水相关法的行为进行处理和处罚。宣传水行政法律法规，制定辖区水行政管理相关规章制度。
9、水文管理站
修建水文站，收集辖区水文资料。
10、质量监督检查站
11、移民后扶办公室
12、信访办
13、防汛抗旱指挥部
14、水利工程管理站
15、水质监测站
