我知道有很多动画制作公司是参与日本动画的制作的：
杭州飞龙
应该是中国参与制作日本动画最多的，所参与制作的日本动画有：
万能文化猫娘 PHASE
《SEED》部分动画
《名侦探CONAN》（几乎所有超长编）、《柯南》特别篇“直面黑色组织的对决！满月之夜的二元神秘事件”的部分制作。（主要负责加工制作。加工动画主要是指增加动画的中间帧与上色。）
《圣斗士》冥王篇，冥王篇第二卷[冥界大血战]。
《hack.SIGH》的TV和OVA版
《COWBOY BEBOP》的TV版
《魔术士奥芬》
《剑风传奇》
《龙骑士4》
《NOW AND THEN，HERE AND THERE》（《此时此刻的我》）
《银装骑攻队》
《浪客剑心》
《星界的纹章》
《消防员大吾》
《樱花大战》TV版
《魔剑美神》
《吸血姬美夕》
《星界的战旗》
《星界的断章》
《我的女神》（TV和剧场版）
《罗德斯岛战记－英雄骑士传》
《麻辣教师GTO》
《妖精战士》
《火魅子传·恋解》
《口袋妖怪》
《HUNTER X HUNTER》
《BLUE》
《EX'D》
《魔卡少女樱》
《饿沙罗鬼》
《沉默的舰队》
《真·盖塔》
《星方天使》
《守护月天》
《街头霸王ZERO3》
《棋魂》
《犬夜叉》
《人造人间》
《真盖塔对新盖塔》
《火魅子传》
《TURN A GUNDAM》总集篇
《NOIR》（《黑街二人组》）
《MADLAX（玛德莱克斯/异域天使）》
《星界的战旗2》
《Z.O.E》（《终极战区》）
《KERORO（青蛙军曹）》
《X》
《圣斗士——12宫编》（还有天界编）
《最终流放》
《全金属狂潮PUFFON》
《永恒传说》
《彩云国物语》1、2
《el cazador（魔女猎人）》
《Death Note（死亡笔记）》
《银魂》
《phantom》
看了那么一长串动画名单你一定吃了一惊吧，更详细的信息请参见百度百科：
http://baike.baidu.com/view/986050.htm除此以外，我还知道几家：
上海南旭
无锡旭阳
无锡马良