工程预付款应在工程开工后完成工程量达一定比例时在支付工程进度款时扣回或折抵进度款。凡属国家规定必须进行开工前审计的建设项目，未取得审计机关出具开工前审计意见书而擅自开工建设的，应当建议有关主管部门责令其停工，并履行审计手续；不按规定时限履行审计手续的，视情节处以总投资1%以下的罚款，罚款由建设单位以自有资金支付。
工程预付款最新规定如下：
1、承包人应当按照合同约定的方法和时间，向发包人提交已完工程量的报告。发包人接到报告后14天内核实已完工程量，并在核实前1天通知承包人，承包人应提供条件并派人参加核实，承包人收到通知后不参加核实，以发包人核实的工程量作为工程价款支付的依据。发包人不按约定时间通知承包人，致使承包人未能参加核实，核实结果无效；
2、发包人收到承包人报告后14天内未核实完工程量，从第15天起，承包人报告的工程量即视为被确认，作为工程价款支付的依据，双方合同另有约定的，按合同执行；
3、对承包人超出设计图纸范围和因承包人原因造成返工的工程量，发包人不予计量。
一、预付款的支付条件：
1、施工合同签订完毕；
2、不迟于施工人员、机械已进入现场前7天；
3、施工单位提供了相应数额的银行保函。
二、申请预付款的条件：
1、施工单位（承包人）提交履约保函
2、施工单位（承包人）提交与预付款等额的预付款保函
3、施工单位（承包人）配合发包人办理完成工程报建、施工许可（提前介入）等相关手续。
法律分析：
《建设工程价款结算办法》
第十二条 工程预付款结算应符合下列规定：
（一）包工包料工程的预付款按合同约定拨付，原则上预付比例不低于合同金额的10%，不高于合同金额的30%，对重大工程项目，按年度工程计划逐年预付。计价执行《建设工程工程量清单计价规范》的工程，实体性消耗和非实体性消耗部分应在合同中分别约定预付款比例。
（二）在具备施工条件的前提下，发包人应在双方签订合同后的一个月内或不迟于约定的开工日期前的7天内预付工程款，发包人不按约定预付，承包人应在预付时间到期后10天内向发包人发出要求预付的通知，发包人收到通知后仍不按要求预付，承包人可在发出通知14天后停止施工，发包人应从约定应付之日起向承包人支付应付款的利息（利率按同期银行贷款利率计），并承担违约责任。
（三）预付的工程款必须在合同中约定抵扣方式，并在工程进度款中进行抵扣。
（四）凡是没有签订合同或不具备施工条件的工程，发包人不得预付工程款，不得以预付款为名转移资金。
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考