影响船舶航行安全的因素主要有人为因素、船舶因素和环境因素三方面。
1.人为因素
人为因素主要是船员的误操作、
责任心不强或人员素质不高等造成的事故。IMO在ISM规则中指出，海上事故的发生约有80%是由于人为因素引起的。因此，研究人为因素，客观分析航运中人员操作行为的风险并采取相应预防措施显得至关重要。
笔者认为，人为因素主要表现为人的心理、生理、
行为能力等方面存在缺陷或问题，导致事故的发生成为可能。当驾驶员在船舶航行中处于不良的心理状态，如紧张、激动、孤独，就很容易造成感知错误，继而错误判断，再就是操作失误。生理因素主要包括船员身体健康程度和疲劳两方面。船舶长期在海上航行，船员不仅要能够长时间持续工作，还要承受不同航区气候的变化。因此，船员的身体健康与否会对船舶航行安全构成直接影响。同时，驾驶员的大脑疲劳在生理上表现为感觉迟钝，动作不准确且灵敏性降低，在心理上表现为注意力不集中，思维迟缓，反应慢，心情烦躁等，因此,疲劳会使不安全行为增加，船舶操纵质量下降，避碰反应速度变慢，导致船舶安全事故或潜在安全事故增加。
人的行为能力则较集中地体现在船员的专业技能上，它不仅与船员的知识有关，而且与经验、工作岗位和语言能力有关。如对航路不熟悉，错误使用仪器等，容易给航行带来潜在危险。随着船舶本身导航仪器以及通讯方式、通讯工具的不断复杂化，航运业对航海人员知识要求越来越高。而且，船员需要理解避碰规则等法规。很多海难事故的发生仅仅是因为船员对避碰规则的不理解造成的。驾驶员还必需具备一定的航行经验。STCW公约对船员发证时要求必需具备一定的海上服务资历。
2.船舶因素
船舶因素包括船舶本身和船舶管理两方面。船舶质量、船舶适航是船舶安全航行的前提。当然，船舶自身因素还包括机舱各种消防和救生、机械电气设备、安全措施、驾驶室的导航设备及各种自动化系统等是否正常运行等。
前面已经提到，海上事故约有80%是由于人为因素引起，而人为因素中约有80%可以通过有效的管理加以控制的，即通过强化公司的内部管理和船舶的安全管理加以控制。海事检查发现，地方和民营船公司所属船舶的安全缺陷明显多于国家骨干航运企业所属船舶。只有有效的管理，才能使公司的各个部门、船上各个环节和不同的个体，有机的联系在一起，减少事故的发生。
3.环境因素
环境因素是指天气、海况、水域等。也包括船舶自身环境。影响海运安全的气象海况条件包括
能见度、风（浪）、
洋流和潮汐等。海上是自由选择航路的水域，但海域航道宽度、航道深度、航道弯曲角度、航道交叉状况等对海运安全有一定的影响。海域交通环境因素也非常重要。海域船舶交通流量、海域通航秩序是衡量海域交通环境的重要指标。大量数据表明，离岸10海里左右的海域最易发生海事，原因除了由于航道条件不好及绝大部分的浅滩、暗礁、沉船等碍航物都分布在沿海区域，造成船舶操纵困难发生事故外，另一个重要的原因是沿岸海域船舶通航密度大，船舶发生碰撞事故的机率增大。
船舶自身环境包括工作环境和生活环境。长航线的航行中有的在短期内经历不同的季节变化，以及各种油类、化学品挥发产生的污染，都加重了船员的生理、心理负荷等等。由于船上生活空间狭小，人群单一，角色固定，加上较长时间与社会、家庭分离，使得船员的生活单调、枯燥。因此，创造一个安全、舒适的生活环境对提高工效、减少疲劳和消除人的不安全行为、杜绝或减少事故发生非常重要。