虽然阿古柏势力强大，背后又有列强支持，但是阿古柏在新疆地区不得人心根基不稳，一旦阿古柏打了败仗，列强马上会改变态度。而左宗棠的军队备受新疆本土的支持，在左宗棠的强势进军下，阿古柏被剿灭了。
当时的清政府已经是在走下坡路了，面对咄咄逼人的西方列强，清政府毫无招架之力。在外忧不止的情况下，内乱又频繁发生，此时的新疆看到了清政府的倾颓之势，因此发生了地区之间的内部战争和暴动。
此事是一个契机，新疆内部的回族和维吾尔族之间斗得不可开交，为了能获取统治新疆的能力。回族想到了请外援的办法，这个外援不是别人，正是当时在中亚浩罕汗国担任将领的阿古柏。回族人员本想借助阿古柏夺得新疆的最高统治权，谁知道引狼入室了。
阿古柏来到新疆后，完全不想走了，他一举取得了新疆的最高统治权。阿古柏在新疆搞事业正如火如荼之时，阿古柏的老家浩罕汗国灭亡了，于是其国家的一些势力全部来投奔阿古柏，阿古柏的声势由此变得更加浩大了。
壮大的势力加剧了阿古柏的野心，同时也让西方列强看到了可乘之机。西方列强当然愿意支持阿古柏，一旦阿古柏把新疆完全统治了，自然会给清政府带来很大的压力，同时也能加速清朝国土的分裂。
但是西方列强也不是傻子，他们都是人精属于不看到兔子不撒鹰的那种人。表面上看英国、沙俄和奥斯曼帝国都非常支持阿古柏，给他送武器装备，引导舆论为他造势。但实际上，这些西方列强，压根没有提供除武器外的物资和救援。
因为西方列强想当墙头草，他们既不想跟清政府撕破脸彻底成为敌对关系，也不想放弃打压清政府分割清朝土地的机会。所以西方列强仅仅只会在武器装备上支持阿古柏，为的就是能在情况不对时，及时抽身而退。
毕竟阿古柏不是新疆本土的势力，完全投资阿古柏还是有一定风险的。果然阿古柏这个外来的统治者引起了新疆许多势力的不满，包括本土的新疆人对阿古柏之军都分外厌恶。因为阿古柏对当地的管理和统治都太严苛了，阿古柏迫害当地的人民自然引起了很大程度上的社会问题。
在阿古柏遍失人心的情况下，清政府排遣左宗棠前往新疆收复领土。毕竟新疆被清政府统治了许多年，在根基和威望上清政府也要比阿古柏好的多，集聚了天时和人和的左宗棠自然受到了新疆人士的支持和配合，于是阿古柏开始出现了不敌之势了。
此时西方列强还会支持阿古柏吗？答案显然是否定的，西方列强还没那么傻，故意去跟清政府撕破脸。于是西方列强很聪明的选择了抽身而退，让阿古柏自生自灭去了。
阿古柏在既无外援又无内应的情况下，阿古柏开始一败涂地了，而左宗棠仅凭着两万之众的军队，败了阿古柏，收复了新疆。
因为说跟做的中间还有十万八千里的距离呢，英国说支持，那只是给阿古柏壮胆的，英国离那么远他拿什么支持阿古柏，法国也是跟英国一样，没理由参战，然后沙俄是最有可能出兵的，但是当时的沙俄自身难保，哪有精力去帮助阿古柏。
还有就是阿古柏其实真的相当弱，那个时候的清军说起来已经够弱的了，但是阿古柏是比清军还要弱。那个时候除了已经工业化过的中大型国家之外，其他没有工业化的国家，大的小的都说着，其实能打败清军的并不多。
但奈何那个时候周边的日本工业化了，要不然其实清朝在那个时候并没有那么难过，整个世界说白了当时就是西方的天下，他们工业化发展了几百年了，远远领先世界。那个时候所有国家打不过英国都没什么好说的，打得过才奇怪呢。
亚洲国家除了日本和沙俄，其实也没有打得过清朝的，清朝就是再不济，这么大的体量在这放着，挨打也能挨好一会。
区区一个阿古柏，根本不够清军打的，你可以看一下当时的地图，阿古柏就是小小的一点，领土人口都特别少，力量根本不行。
内因就是当时清朝收复新疆的决心很大，虽然顶层慈禧这种人可能不在乎，但是当时的汉族将军都很在乎，比如左宗棠。
左宗棠收复新疆，那是抱着必死的决心来的，抬着棺材来打仗，而且左宗棠的军队确实也算是能征善战，比阿古柏强很多，所以剿灭阿古柏轻而易举。
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