应用型本科与普通本科不是并列关系。
在官方文件定义中，普通本科涵盖的范围很大，一切可参与本科批次招生的院校（包括985、211、双一流和其他一本、二本、三本院校），均称为“普通本科院校”或“普通本科高校”。即使2014年，国务院发布《关于深化考试招生制度改革的实施意见》，逐步取消本科招录批次后，本科一批、二批、三批合并后，也统称为本科普通批。
以往大家观念里，本科一批是重点本科，本科二批是普通本科，但是这种分类目前并无任何官方定义明确，只是民间根据理解定义。
应用型本科，是党中央提出“推动本科高校向应用型转变”后出现的词汇。并在《国家教育事业发展“十三五”规划》中进一步明确，同时教育部、国家发改委、财政部发布了《关于引导部分地方普通本科高校向应用型转变的指导意见》。提出“推动具备条件的普通本科高校向应用型转变”，确立了“应用型的类型定位和培养应用型技术技能型人才的职责使命”，学校可以是“整体转型”，也可以是“二级学院试点”。
所以本质上，应用型本科属于普通本科院校的一种类型或者发展方向，而且未来可能会成为本科院校中的重要或者主要部分。
突出应用型的办学定位，目的是为了让高校发展更能契合经济社会发展的需要。究其本质，是针对以往高校同质化发展、人才培养结构不适应经济社会发展需要等问题，而对高等教育结构和布局实施的调整。从国家对研究生、本科和专科层次院校的设置、学位点调整等工作可以看出，已有的正在向应用型转型，新增的原则上全面向应用型发展。
从参与转型的学校、专业来看，大批普通本科院校已经明确建设应用型大学（提法不一样，有高水平应用大学、有一流应用型大学、甚至有应用研究型大学），也有985、211院校的一些专业参与，学历层次也覆盖研究生（专业硕士为主）、本科和专科等阶段。所以，不能说应用型层次低、含金量不足，而是根据人才培养定位和社会需求的匹配、适配需要而确定。