新疆工程学院有以下专业：
本科专业：采矿工程，资源勘查工程，测绘工程，土木工程，地质工程，机械设计制造及自动化，物联网工程，通信工程，物加工工程。
专科专业：机电一体化技术，机械制造与自动化，工程机械运用与维护，矿山机电，工业设计，冶金技术，选矿技术，焊接技术及自动化，模具设计与制造，数控技术。
新疆工程学院始终坚持社会主义办学方向，把“立德树人”作为根本任务，以人才培养工作为中心，以人才培养质量为根本，不断完善教学质量保障体系。
进一步贯彻领导重视教学、机制保障教学、经费优先教学、条件支撑教学、教师倾心教学、科研促进教学的办学理念，形成了全方位协同育人的格局。
学校不断优化调整专业结构布局，加强专业建设。紧密结合自治区产业强基增效、转型升级对人才的需求，重点发展和建设与自治区特色产业和战略性新兴产业深度对接的专业体系。
学校现有35个本科专业，涵盖工学、管理学、经济学、艺术学学科门类。有教育部“卓越工程师教育培养计划”专业1个，国家级一流本科专业1个，自治区一流本科专业10个，自治区重点专业2个。
学校现有2个自治区重点实验室，1个自治区工程技术研究中心，1个自治区教育厅高校重点实验室，3个自治区教育厅实验教学中心，1个自治区博士后创新实践基地，6个校级重点科研平台，62个校内实验室。建有稳定的校外实习基地，充分满足学生实习需求。
学校始终聚焦人才强校战略，将高素质教师队伍建设作为实现学校办学定位和人才培养目标的一项基础性工作加以落实，逐步建立了一支数量基本满足、整体素质和能力符合应用型人才培养要求的教师队伍。
现有自治区级教学名师3名，校级教学名师3名，自治区级教学能手6名，校级教学能手10名。2020年，3名教师分别荣获自治区青年教师教学竞赛二等奖和三等奖。
坚持能力培养为重，突出应用型人才培养。学校根据办学定位和应用型人才培养要求，通过强化与行业企业共同制订培养目标，共同建设课程体系和教学内容，共同培养，共同评价培养质量，探索构建“一目标、五体系、两循环”的应用型人才培养模式和校企协同育人机制。
坚持问题导向和实践导向，推进教育教学改革。坚持团队研究，建立行政推动、教研促动、专家带动、项目驱动的机制，鼓励组建团队，以项目推动课程建设和教学评价改革。
支持教师开展探究式、启发式、案例式、参与式、任务驱动式、翻转课堂等教学方法改革，定期开展教学竞赛，组织课堂教学展示与示范、优秀教案评选、青年教师讲课（说课）竞赛等。
近三年，获批教育部新工科建设项目6项，荣获省部级教学成果奖2项，自治区级教改项目31项，校级教改项目立项173项，发表教改论文207篇。荣获首届全国高校思想政治理论课教学展示二等奖1项，自治区高校思想政治理论课教学展示一等奖2项；其他各类教学竞赛奖18项。