受儒家"君子人格"的影响,蔡元培在长期的文化教育实践中,形成了高尚的道德人格,其具体外在表现是:矢志于"教育救国"的人生观、坦荡的君子胸怀和谋求道德济世的精神品质。
【诚挚的责任心和勇于献身的精神】
先生在《我是怎样做北京大学校长的》中说：“我们第一要改革的，是学生的观念。我在译学馆的时候，就知道北京学生的习惯。他们平日对于学问上并没有什么兴趣，只要年限满后，可以得到一张毕业文凭。教员是自己不用功的，把第一次的讲义，照样印出来，按期分散给学生，在讲坛上读一遍。学生觉得没有趣味，或瞌睡，或看看杂书；下课时，把讲义带回去，堆在书架上。等到学期、学年或毕业的考试，教员认真的，学生就拼命地连夜阅读讲义，只要把考试对付过去，就永远不再去翻一翻了。要是教员通融一点，学生就先期要求教员告知他要出的题目，至少要求表示一个出题目的范围；教员为避免学生的怀恨与顾全自身的体面起见，往往把题目或范围告知他们了。于是他们不用功的习惯，得了一种保障了。尤其北京大学的学生，是从京师大学堂“老爷”式学生嬗继下来(初办时所收学生，都是京官，所以学生都被称为老爷，而监督及教员都被称为“中堂”或“大人”)。他们的目的，不但在毕业，而尤注重在毕业以后的出路。所以专门研究学术的教员，他们不见得欢迎；要是点名时认真一点，考试时严格一点，他们就借个话头反对他，虽罢课也在所不惜。若是一位在政府有地位的人来兼课，虽时时请假，他们还是欢迎得很；因为毕业后可以有阔老师做靠山。这种科举时代遗留下来的劣根性，是于求学上很有妨碍的。所以我到校后第一次演说，就说明：‘大学学生，当以研学术为天职，不当以大学为升官发财之阶梯。’然而要打破这些习惯，只有从聘请积学而热心的教员着手。”
【思想自由兼容并包】
1917年初，蔡元培就任北京大学校长后，便按照西方国家近现代的大学模式，对北京大学进行整顿和改革。由于蔡元培先生的办学精神，北京大学既聘请新文化运动的代表人物陈独秀、胡适、鲁迅、钱玄同等来校任教，也请了持复辟政见的辜鸿铭等旧派人物执教。一时间北大人才荟萃，思想的碰撞与交锋，成为学校一大人文景观。
蔡元培认为，大学是研究高等学术之圣地，并非养成官僚之所。要发展学术，没有自由思想的环境是不行的，被禁锢的思想不会有创造力。因此他对各种学说“循思想自由原则，兼容并包。无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，倘不达自然淘汰之命运，即使彼此相反，也听他们自由发展。”这一原则的确立，学术风气大改观，至今90多年过去了，这“思想自由，兼容并包”八个字几乎成了蔡元培和北京大学的同义词。可以说，陈寅恪先生一生坚持的“自由的思想，独立的精神”，与他推崇蔡先生的教育思想也是分不开的。
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