本病对激素治疗大多数敏感，其具体治疗如下。
（1）糖皮质激素。目前多采用泼尼松口服，开始成人剂量为每日1mg/kg，儿童剂量为每日2mg/kg，清晨一次顿服，持续8 周。如有效也可延长至12 周，然后逐渐减量，多数每5 ～ 7 天减量一次，每次减5mg，至成人每日0.5mg/kg，儿童每日1mg/kg 时停止，而改为隔日顿服，即成人隔日顿服1mg/kg，儿童为隔日2mg/kg，持续6个月甚至12 个月，然后缓慢减量至停用。如无效则可考虑加用环磷酰胺或采用冲击疗法。
（2）细胞毒类免疫抑制剂。常用的有环磷酰胺、盐酸氮芥、苯丁酸氮芥， 其中环磷酰胺最为常用， 其用法为： 成人每日2 ～ 3mg/kg，小儿每千克体重用量稍大，分两次口服，或将两日用量加入注射用生理盐水20ml 内，隔日静脉注射1 次，累积总剂量为150mg/kg。
（3）冲击疗法。甲基泼尼松龙每日1g，加入5% 葡萄糖注射液300ml 中静脉滴注，1 小时滴完，每天1 次，连续3 天为1 疗程。必要时2 周可重复1 次，一般不超过3 疗程，间隔期间或此疗法结束后，应口服泼尼松每日40 ～ 60mg，4 周后再逐渐减量，直至维持量。
（4）环孢素A（CyA）。CyA 开始剂量为每天5mg/kg，然后调整剂量达血中CyA 浓度在100 ～ 200mg/L。但本药的肾毒性（引起间质性肾炎）、停药后易复发及药物昂贵使之使用有较大的局限性。
怎样治疗系膜增生性肾小球肾炎其治疗可按微小病变性肾病使用激素的治疗方案进行，但疗程要稍为延长，以便获得较好疗效。对激素无效，或部分缓解的患者，宜加用细胞毒药物。