温州市第二人民医院的门诊楼层分布如下：
一楼是医疗服务的入口，设有挂号室、西院房以及医疗保险办公室。这里还有客户服务中心，方便患者办理各种手续。此外，一楼还包含了放射科和CT室，以及方便门诊和注射室，为患者提供快速诊疗服务。
二楼主要集中在内科门诊，包括普内科、心血管内科、呼吸内科、消化内科、肾内科、神经内科、血液化疗科、内分泌科、放疗科等。此外，还有中医科门诊、骨科门诊、伤科门诊、肝病门诊、健康教育门诊等，以及骨密度室、肺功能室、气管镜室等辅助检查部门。
三楼则是外科门诊，包括普外科、神经外科、胃肠外科、胸外科、肝胆外科、肿瘤外科、泌尿外科、肛肠外科等，同时还设有时疼痛门诊和门诊手术室。此外，门诊换药室也位于这一层。
四楼则集中了口腔科门诊、皮肤科门诊、整形外科门诊以及美容室。眼科门诊、心电图室、动态心电图室以及产前诊断中心（化验室）也设在这里。
最后，五楼是妇产科区域，设有妇科门诊、产前检查门诊和高危妊娠门诊。胎儿监测室、妇科细胞学室和治疗室位于此层，人流室以及孕妇学校为孕期女性提供全方位的指导和照顾。
温州市第二人民医院始建于1897年（清光绪23年），是浙南地区最早的西医院。经历一百多年的风雨沧桑，已发展为集医疗、科研、教学、预防、保健、康复为一体的三级甲等医院。