据最新“世界人口评论”的说法，在2020年日本人男性的平均身高在1米72左右，女性平均身高大约在1米58，中国的平均男性身高是169.5厘米，女性则在158厘米。虽然现在日本人的平均身高已经超过了中国，但是在明治维新之前，日本的成年男性平均身高只有155厘米，难怪在唐朝时期被称为“倭国”。
历史上日本开始出现人类文明是绳文时代，一些考古专家根据挖掘出当时的日本人大腿腿骨推算得出，那时候的日本男性平均身高大约是1米58，女性是1米49左右，后来的日本人学会了种植水稻，基本的温饱得以解决，平均身高提上去了一些，男性在163厘米左右，女性为152厘米。
历史推进到日本的封建王朝，政府颁布了“禁肉令”，加上自然灾害频繁发生，因为长期吃素，营养不均衡，日本人的平均身高达到历史最低：男性平均身高只有1米55，女性更是只有1米43。
在明治维新时代，日本出了一个“女巨人”，名叫坂本乙女，她身高达到了1米74，体重为112斤，就算到了现代也是一个大块头，而相比于当时最高也只有1米6的男性都高上一头，更不用说最矮只有1米24 的了，所以她是当时当之无愧的“女巨人”。
她的弟弟也是当时有名的“男巨人”，身高是173厘米（也有说法是182厘米），体重是80公斤，和他们俩兄妹一样出名的“巨人”还有西乡隆盛，身高达到1米79，体重更是有103公斤，可以说是差不多为正方体身材了，也是名副其实的大块头，他们三人是当时日本的“维新三杰”。
所以到了明治天皇时代，就开始倡导提高人种质量，也得到了明显的改善，到了1954年，日本政府还通过了《学校给食法》，就是学校给学生提供营养均衡的午餐，后来还在午餐里加入了牛奶，在此期间也提出了“一杯牛奶强壮一个民族”的口号。
提高身高还少不了运动，自1964年如本东京奥运会举办成功之后，日本大大提高了对体育事业的重视程度，国民的体育热情空前高涨，甚至还规定了一年一度的“体育日”在10月10号，后来更改为每年10月的第2个星期。
这一系列的改善措施也是有用的，根据数据显示，进入21世纪之后，日本男性的平均身高达到了168厘米，女性在155厘米，北海道的数据则普遍高于全日本的平均数据，男子的平均身高为170厘米，女子为158厘米，已接近2020年的最新数据。
虽然现在的日本平均身高高于我国，但是日本人是通古斯人和蒙古人种的混血，身材矮小是刻在基因里面的，所以虽然日本人现在的身高得到了提高，但是她们的种族已经决定了他们的身高不会产生太大的变化，因此现在的平均身高有可能就是他们的峰值。
而海德尔斯堡大学的人种实验室的Gulden教授也在世界遗传学大会上发言说：“有目共睹的是，日本在改良国民体质方面做出了卓越成就，但我要指出的是，因为遗传基因决定的关系，日本人在体质改良方面已经达到了极限·····”