黑衣组织的出场集数如下：
1、《名侦探柯南》第783集——《绯色的真相》
2、《名侦探柯南》第782集——《绯色的回归》
3、《名侦探柯南》第781集——《绯色的交错》
4、《名侦探柯南》第780集——《绯色的追寻》
5、《名侦探柯南》第779集——《绯色的序章》
6、《名侦探柯南》第706集——《解谜的波本》
7、《名侦探柯南》第705集——《密室中的柯南》
8、《名侦探柯南》第704集——《漆黑的特快列车》
9、《名侦探柯南》第699集——《逼近灰原秘密的黑影》
10、《名侦探柯南》第671集——《侦探们的夜想曲》
11、《名侦探柯南》第667集——《婚礼前夜》
12、《名侦探柯南》第500集——《红与黑的碰撞遗言》
13、《名侦探柯南》第499集——《红与黑的碰撞伪装》
14、《名侦探柯南》第462集——《黑衣组织的影子年幼的目击者》
15、《名侦探柯南》第340集——《厕所里隐藏的秘密》
16、《名侦探柯南》第309集——《与黑衣组织的接触》
组织简介
黑衣组织是日本动漫《名侦探柯南》中的一个笼罩在神秘色彩中的跨国犯罪组织，自剧情伊始便已经出现。
主角工藤新一因为看到了组织进行非法交易的场面而被琴酒灌下毒药（APTX4869）灭口，却幸运生还，并在药物偶发作用下身体缩小成为小学生模样。他化名为江户川柯南，借住在青梅竹马毛利兰家的毛利侦探事务所，暗中调查黑衣组织。
该组织的真实名称不详，片中一般以“黑衣（黑暗）组织”、“组织”代称，组织的组成结构和目的也不明显。但可以肯定，黑衣组织是一个势力很广的大型犯罪组织，资产雄厚，并且在日本政界、经济界和科学界有很深的人脉。
惯用手法是在医学界，财经界，科学界吸收一些未来很有前途的人，再暗中以金钱收买。并且聚集大量资金，开发谜样的药物以及足以影响全人类未来的程序。FBI和CIA在多年前就已经介入了对组织的调查。