国务院发展研究中心主要内设机构：学术委员会、专业技术职务评审委员会；办公厅（人事局）、宏观经济研究部、发展战略和区域经济研究部、农村经济研究部、产业经济研究部、技术经济研究部、对外经济研究部、社会发展研究部、国际合作局；信息中心、市场经济研究所、企业研究所、金融研究所、机关服务中心、公共管理与人力资源研究所、中国发展出版社、管理世界杂志社、中国经济时报社、中国经济年鉴社、中国发展观察杂志社、中国工商企业法律咨询服务中心；中国发展研究基金会、中国城乡发展国际交流协会、中国企业评价协会、中国企业发展研究中心、中国（海南）发展研究院、中国农村劳动力资源开发研究会、国际技术经济研究所、欧亚社会发展研究所、世界发展研究所、亚非发展研究所、民族发展研究所、港澳研究所。
学术委员会
国务院发展研究中心学术委员会是参与国务院发展研究中心科研领导管理工作的学术管理机构。学术委员会委员均具有高级专业技术职称。有丰富的科研经历和相当的学术成就，在专业研究领域内有较大影响，并有一定的科研组织能力。
学术委员会设主任委员一人，副主任委员若干人，秘书长一人。主任委员、副主任委员由学术委员会全体成员选举产生。秘书长由主任委员聘任。另设若干副秘书长以协助工作。主任委员负责学术委员会的全面工作。秘书长负责学术委员会具体工作的实施。中心科研处是学术委员会的工作机构。
学术委员会负责中心科研工作的总体规划、研究选题、成果评审、推荐国家科技进步奖。
学术委员会主要工作内容有：负责中心重点课题的立项；拟定招标课题，审议和确定中标课题；负责组织中心的学术交流和重点课题的中间评议活动；负责组织中心研究成果的评审和优秀研究成果的评选工作。负责评议、推荐中国发展研究奖、国家科学技术进步奖候选人等；定期召开全体会议，讨论中心的研究工作。
专业技术职务资格评审委员会
国务院发展研究中心专业技术职务资格评审委员会根据国家有关专业技术职务评审工作的条例，结合国务院发展研究中心的实际情况，进行年度专业技术职务评审工作并制定评审受理申报的条件。
