南通站和南通西站的区别是：地理位置不同、车次安排不同、建设意义不同等。
1、地理位置不同
南通站位于中国江苏省南通市崇川区永兴大道，是宁启铁路的中间站。南通西站位于中国江苏省南通市通州区。
2、车次安排不同
南通站班次情况：高铁班次有15个班次，如G1302、G2575、G2632、G2642、G2682等；动车班次有23个班次，如D5424、D5428、D5432、D5462、D2284等；城际班次有55个班次，如C3812、C3788、C3766、C436、C3712等。
直达特快列车有4个班次，如Z139、Z140、Z51、Z52等；快速旅客列车有12个班次，如K92、K138、K564、K1142、K1144等。
南通西站班次情况：高铁班次有32个班次，如G1256、G1304、G3288、G8351、G8356等；动车班次有23个班次，如D4216、D2124、D2136、D3064、D5591等；城际班次有26个班次，如C3812、C3795、C3858、C3860、C3862等。
3、建设意义不同
南通站的正式开通，对改善苏中、苏北地区对外交通条件，加速江苏腹地经济发展，完善华东铁路网建设，方便苏中、苏北群众出行，具有重要的意义。
作为沪苏通铁路、盐通高速铁路、通苏嘉甬高速铁路等铁路线的共用车站，也是国家综合运输大通道上的车站，南通西站在国家建设的“四纵四横”快速客运通道中具有重要战略意义。
南通西站的建成运营，为南通加快融入上海一小时经济圈提供重要支撑，对于促进长三角地区产业布局调整，实现区域资源共享具有积极意义。
南通站设计参数
截至2016年5月，南通站站房总建筑面积11740.6平方米，其中，候车面积3696.6平方米，综合厅1289平方米，售票厅369平方米。站前高架桥长312.76米。站台设500米长无站台柱雨棚，无站台柱雨棚钢结构覆盖面积34737平方米，进站天桥和出站地道1处。
南通站站房采用了钢管混凝土柱、型钢混凝土梁、大面积玻璃幕墙结构和大跨度弧线形钢桁架结构。照明采用智能时控；中央空调采用地源热泵系统，制冷采用球形喷口和旋流风口送风，制热采用地板辐射采暖。
1. 地理位置：南通站位于江苏省南通市崇川区永兴大道，而南通西站位于江苏省南通市通州区尧盛路。
2. 主要线路：南通站是宁启铁路的中间站，也是沪苏通铁路、盐通高速铁路、通苏嘉甬高速铁路的始发站，而南通西站是沪苏通铁路、盐通高速铁路、通苏嘉甬高速铁路的共用车站。
3. 投用时间：南通站投用时间为2004年8月，而南通西站投用时间为2020年7月。
4. 整体规模：南通站整体规模较大，高峰期可容纳15000人，而南通西站高峰期可容纳5000人。
5. 班次数量：南通站班次数量较多，包括高铁、动车、城际列车等，而南通西站班次数量相对较少。
6. 车站等级：南通站和南通西站均为特等站。
总之，南通站和南通西站虽然都是重要的铁路枢纽，但在地理位置、主要线路、投用时间、整体规模、班次数量和车站等级等方面存在明显差异。