史学界，对于马皇后为朱元璋生了几个孩子一事，一直没有下一个定论，因为明清两朝的许多史料对此事的记载都有不同的看法。至于明成祖朱棣被怀疑不是马皇后的儿子而是碽妃的儿子，则是因为他有修改历史以证明自己造反的正当正统性的原因。
根据《明史》记载，马皇后一生共生下了五个儿子和两个女儿，其中嫡长子朱标是明朝第二位皇帝惠帝朱允炆的父亲，而第四子是第三位皇帝成祖朱棣。《明史》是二十四史的最后一部，也是公认其中最完善的一部。二十四史是历朝历代的最正统的史书，因此《明史》对马皇后子女数量的记载具有很高的可信度。
马皇后的子女有四种说法：
1、5子2女（大部分认为朱棣不是）
2、3子2女（除掉周王和燕王）
3、2女（结合考证和史料）
4、无子女（根据中国明史学会会长的说法）
这些提出质疑的人，大多是在史学方面颇有研究的专家学者，而且他们基本上不是无端猜测，都有自己的依据和史料。所以，对于马皇后到底生了几个儿子，史学界才如此众说纷纭。不过五个儿子中，朱棣不是马皇后的儿子的可能性极大。因为朱棣在侄子惠帝在位时，发动靖难之变最后起兵夺了他的皇位，称帝后朱棣需要一个嫡子的身份来证明自己的正统性，所以他可能之后修改了历史，欺瞒了世人。
马皇后怎么死的
1382年（洪武十五年）农历八月，马皇后病逝，年51岁。同年农历九月葬于明孝陵，谥号孝慈皇后。马皇后因病而死的，具体所患何病史书上没有记载，只说是她在睡觉时得病，不过记载了她从患病到去世的故事。知道马皇后得病后，一直和她感情甚笃的朱元璋就想要找太医为她医治，而朝廷大臣也感念平日母仪天下的马皇后所以他们请求来一场祭祀为她祈福。
然而知道自己时日无多的马皇后却毅然拒绝了，理由是祭祀和医生都不能续命，而且如果太医没治好她会被皇帝降罪。等到病重时，朱元璋问她的遗愿是什么，马皇后直到最后还是在劝告朱元璋，她希望朱元璋可以选贤任能，虚心纳谏。
马皇后死后，谥号为孝慈皇后，后来又被两次上尊谥号。她被安葬于孝陵，也就是现在闻名于世的明孝陵。孝陵据说就是以马皇后的谥号为名，而且根据朱元璋的要求，它就是按照两人的合葬陵墓来设计，所以朱元璋死后也被安葬于此。