进境水果的检疫监督由国家检验检疫局严格把控。首先，对于向中国出口水果的国外果园、加工和存放单位，国家检验检疫局实行注册登记制度（第十七条）。
为了确保水果的检疫安全，国家检疫人员可在输出国家或地区的政府同意下，前往产地进行预检、监装或疫情调查（第十七条）。展览用的疫区水果，需经国家检验检疫局特别批准的检疫手续，并在展览期间接受检疫机构的全程监管，不得随意使用、赠送、销售或调离，废弃水果需在检疫机构监督下处理（第十八条）。
对于供港澳直通车和船上销售的进境水果，经检疫合格后需装入检验检疫机构监制的密封袋，旅客携带时需凭此包装，检疫人员会进行抽查（第十九条）。而关前免税商店销售的进境水果，也需经检验检疫合格，并在监管下分装于密封袋中销售（第二十条）。
国际航行交通工具在境内停留期间，任何人员不得携带配餐水果离船，使用后的果皮果核须在检验检疫机构监督下进行无害化处理（第二十一条）。来自疫区的船舶、飞机和火车，发现禁止进境的水果，必须封存或销毁，未经许可，不得擅自开启（第二十一条）。
国家检验检疫局可根据需要指定特定机构对过境或转口的水果进行检疫监督（第二十二条）。检验检疫机构有权在机场、港口等场所进行疫情监测，相关单位需配合，并严格遵守不移动或损坏监测器具的规定（第二十三条）。
《进境水果检疫管理办法》，为了防止植物危险性有害生物传入我国，保护我国水果生产安全和人体健康，根据《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其实施条例的有关规定而制定，适用于从境外输入的新鲜水果及茄科蔬菜中的番茄、茄子、辣椒的检疫。该办法列五章，二十六条，自2000年1月1日起执行，原国家动植物检疫总所1988年9月12日发布的《进口水果检疫管理试行办法》同时废止。