平泉县财政局设有多个内设机构，各司其职，确保财政工作的高效运行。
办公室
负责机关的综合协调，包括党务、政务工作，文电处理、保密、信访和档案管理。管理财政信息、宣传、新闻发布，并负责财务管理、资产管理、人事劳资和后勤保障。还负责处理人大代表建议和政协委员提案，以及党风廉政建设等工作。
预算股
主要负责编制年度县级政府综合预算草案，管理财政指标，执行预算管理制度，处理乡镇财政事务，拟定财政分配政策，以及行政事业单位工资发放银行化工作。
预算编审中心
负责财政预算编制原则、支出政策制定，部门预算的编制、执行和调整，组织年度预算计划的布置和审核工作。
信息中心
致力于“金财工程”建设和财政信息网络建设，提供技术支持，提升财政管理的科学化、规范化、现代化水平，并制定网络运行和安全管理规定。
行政(政法)事业股
监督执行行政事业单位财务规则，制定相关规章制度，负责年度预算执行监督和检查。
社会保障股
负责专项资金预算审核，监督社会保障资金的筹集、使用和管理，包括县级劳动、民政等领域的资金。
农财股
负责农业、扶贫等专项资金的预算建议审核和管理监督，涉及财政支农、扶贫资金以及退耕还林等项目。
综合股
研究财政发展战略，负责住房资金、财税行政复议、彩票公益金和城市建设资金的管理。
会计股
负责全县会计工作管理，实施会计法规，监督会计核算，组织培训和会计人员继续教育。
经济建设股
负责基本建设资金、交通等专项资金的财务管理，以及国债、世界银行贷款等资金的监督。
企业(国资)股
汇总分析重点企业税源数据，管理国有股权，规范行政事业单位国有资产管理。
农村财政管理股
负责农村税费改革的落实，指导乡镇村财政财务工作，监督转移支付资金和村级债务。
政府采购办公室
负责全县政府采购制度的制定和管理，安排采购预算，监督财政资金使用。
财政监督稽查局
监督财税政策执行，组织综合性、专项检查，查处财经纪律违规行为。
非税收入管理局
实施预算外资金管理，负责非税收入的立项、审核和征收监管。
财政集中支付中心
集中管理财政账户，办理资金收付，审核收支拨款凭证，负责专项资金审核和管理。
政府采购服务中心
负责采购项目的组织和执行，办理采购结算事宜。
矿产品产量监控中心
监控全县矿产企业产量，提供统计数据和报告，协助制定税费征收办法。
财政投资评审中心
对财政性建设项目预算进行评审，确保其准确性和合规性，进行绩效评价。
农业政策性金融担保中心
为农业产业化企业提供贷款担保，保障农发行债权的实现。