微生物在工农业生产中的应用，涵盖了医药制造、食品加工、化工生产、冶金采油、污水处理、创新能源等多个领域。特别值得重视的是，微生物在物质循环中的巨大作用，可以说自然界所有的物质循环都是靠微生物的作用实现的，如果不是微生物的存在，自然界生物体的遗骸早已堆积如山。由微生物降解有机物向自然界提供的碳元素每年高达950亿吨。正是因为有微生物的存在，地球上的各种生物材料和元素才得以周而复始。
微生物不仅有适应各种环境和条件的特殊功能，而且有利用各种原料、制作各种产品的独特作用。一些极端微生物可以生活于高寒、高温、高压、高酸、高碱等多种其他生物难以承受的环境中。因此，微生物有着广阔的应用前景。