日本语系与其它语言和语系的关系到目前为止并不确定。关于日本语系学者们提出过许多理论，但目前并没有一个是被普遍接受的，而且其中有部分理论甚至存在相当大的争议。
日语的系属一直都是学术界争论的焦点、基本上可以有四类的观点：
第一类观点认为日语属于阿尔泰语系、因为日本语有着非常显著的阿尔泰语系的语言特征。但是日语跟阿尔泰语系的其他语言之间的同源辞汇却非常少、反对该观点的学者一般都以此作为反驳的力证。
第二类观点认为日语跟朝鲜语共属于一个新的语系。持该观点的学者认为、日语的文法与朝鲜语的文法有惊人的相似度、都是使用SOV序列、两者历史上又共同受过古汉语的影响、因此有学者认为日语跟朝鲜语是阿尔泰语系和汉藏语系混合的新语系。但是日语跟朝鲜语之间缺乏同源词也成了异议的学者们反驳该观点的力证。
第三类观点认为日语跟琉球语共属于一个新的语系，即日本语系。由于日语跟琉球语之间确有不少相似性，故此观点得到了一些学者的支持，但仍然并没有被广泛认同。
第四类观点认为日语跟朝鲜语一样，都是孤立语言，而它们跟目前世界上已知的语系都没有关联。持该观点的学者们以「同源词问题」支持该观点。
除了上述四类观点以外、还有学者认为日语应当属于南岛语系。
追问日本人祖先的起源也是争论不断
日本人祖先的起源也是争论不断
日本人祖先的起源也是争论不断
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