蛋白多肽类药物因其生物活性受到一级、二级和三级结构的影响，生物检定法是研究这类药物动力学的必备方法。生物检定法主要分为在体分析和离体组织（细胞）分析两种类型。在体分析如胰岛素小鼠血糖法，具有直观反映活性的优点，但耗时、灵敏度低。离体分析如细胞培养法，如细胞增殖、抑制增殖和减少细胞损伤法，虽灵敏特异，但受细胞因子阈量和变异影响。
免疫学方法如放射免疫法、免疫放射定量法和酶联免疫法，利用抗体识别抗原，具有快速、灵敏的特点，但测定的是免疫活性而非生物活性，且可能受抗原决定簇代谢片段和内源物质干扰。同位素标记示踪法，如125I标记，简便直观，适用于组织分布研究，但可能存在药物活性改变和代谢行为变化的争议。通过SDS-PAGE和HPLC等方法鉴别原药、降解物和结合物，是同位素法的关键问题。
色谱法如HPLC，是药物动力学研究常用工具，但对蛋白多肽药物，可能需要与其他技术如LC-MS（质谱法）联用以提高灵敏度。高效毛细管电泳（HPCE）则以其高效、快速的分离能力在生物分子分析中占据一席之地。综合运用多种方法，结合其优缺点，是研究蛋白多肽类药物动力学的常用策略，以期得到更可靠的结果。
多肽和蛋白质类药物指用于预防、治疗和诊断的多肽和蛋白质类物质生物药物。多肽是α-氨基酸以肽链连接在一起而形成的化合物,它也是蛋白质水解的中间产物。N条多肽链按一定的空间结构缠绕纠结就构成了蛋白质。大分子蛋白质水解会生成多肽。