机票行程单与发票的区别是：
1、行程单的定义，航空运输电子客票行程单即行程单，是旅客购买电子客票的付款凭证或报销凭证，同时具备提示旅客行程作用的单据；
2、行程单的特点，一人一票制。纳入税务发票管理范围。由中国民用航空局负责一系列的管理工作。不当使用或构成犯罪；
3、行程单可作为发票的依据；
4、发票在遗失时，是要根据发票的性质，开具时间等情况进行登报申明，上报税务机关的。而行程单是遗失不补。
机票行程单即行程单是《航空运输电子客票行程单》由相关机构监制并按照纳入税务机关发票管理。对违反发票管理法规的行为，任何单位和个人可以举报。税务机关应当为检举人保密，并酌情给予奖励。
【法律依据】
《中华人民共和国发票管理办法》
第三条本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。