截至9月21日，中国船长因中日撞船事件，已被日本非法扣留达15天之久。这期间，中方多次召见日本驻华大使提出强烈抗议，中国驻日大使紧急向日本外务省提出严正交涉，外交部发言人多次在记者会上强调，中国政府对维护国家主权和领土完整的意志和决心坚定不移。
日方非法扣船扣人
中国提出严正交涉
9月7日10时15分许，一艘有15名船员的中国拖网渔船在钓鱼岛附近海域进行捕捞作业时，日本海上保安厅一艘巡逻船赶到现场，并冲撞渔船。随后，日方又派出两艘巡逻船跟踪渔船。13时左右，日本巡逻船上的22名海上保安官登上航行中的中国渔船，命令渔船停止航行，并宣称违反日本“渔业法”，对渔船进行检查。随后，中国渔民渔船被扣押至日本冲绳县石垣岛。
中国外交部发言人姜瑜当天表示，中方对事件表示严重关切，已向日方提出严正交涉。钓鱼岛及其附属岛屿自古就是中国领土，我们要求日本巡逻船不得在钓鱼岛附近海域进行所谓“执法”活动，更不得采取任何危及中国渔船和人员安全的行为。中方将密切关注事态发展，保留做出进一步行动的权利。
当天，中国外交部副部长宋涛奉命约见日本驻华大使丹羽宇一郎，提出严正交涉，要求日方停止非法拦截行动。
当日晚，中国驻日本大使程永华紧急向日本外务省负责人提出严正交涉，指出中方对日本巡逻船非法扣留中方渔民渔船表示强烈抗议，要求日方立即放人放船，避免事态进一步升级。
日方继续恣意妄为
戴秉国警告日勿误判形势
9月8日，外交部部长助理胡正跃奉命召见日本驻华大使丹羽宇一郎，对日方提出强烈抗议，要求日方立即放人放船，并确保我方人船安全。当日，中国驻日本使馆派员赶赴冲绳县石垣岛探视中方渔民。
9月9日，外交部发言人姜瑜表示，日方对待在钓鱼岛海域作业的中国渔船适用日本国内法是荒唐的、非法的和无效的，中方绝不接受。当务之急，是日方应立即无条件放人放船，避免使事态进一步升级。姜瑜在回答日本记者问“此事件对中日关系会有影响吗”时说，领土主权争议高度敏感，处理不当将对中日关系的大局造成严重的冲击，日方对此应有清醒的认识。
9月10日，中国外交部长杨洁篪召见日本驻华大使丹羽宇一郎，提出严正交涉和抗议，强调中国政府捍卫钓鱼岛主权和本国公民权益的决心是坚定不移的，要求日方立即无条件放回包括船长在内的全体中国渔民和渔船。
当日，外交部发言人姜瑜就日方拘留中国渔船船长事答记者问。她说，日方不顾中方多次严正交涉和坚决反对，执意决定对中国船长履行所谓司法程序，中方对此表示强烈不满和严重抗议。钓鱼岛及其附属岛屿自古以来就是中国的固有领土。日方上述举动违反国际法和基本的国际常识，是荒唐、非法和无效的。日方如继续恣意妄为，必将自食其果。她说，中方已决定推迟原定于9月中旬举行的第二次东海问题原则共识政府间谈判。
9月12日凌晨，国务委员戴秉国紧急召见日本驻华大使丹羽宇一郎，郑重表明中国政府的重大关切和严正立场，敦促日方不要误判形势，作出明智的政治决断，立即送还中国渔民和渔船。
日方挑起严重事态
我推迟人大代表团访问
9月13日，中国政府包机安全接回被日方非法抓扣的14名中国渔民。被日方非法抓扣的渔船也于当日上午启程返航。外交部、农业部和福建省政府派员随机照料和慰问。外交部发言人姜瑜说，日方非法抓扣中国渔民渔船事件发生以来，中方多次向日方提出严正交涉，全体中国人民和海内外同胞同声谴责日方非法行径，充分体现了中国政府和人民捍卫本国领土主权的坚定意志和决心。姜瑜说，目前日方仍非法扣押中国渔船的船长。中方再次强烈敦促日方立即予以放还。
9月14日，外交部发言人姜瑜在例行记者会上表示，综合考虑各方因素，中方决定推迟中国全国人大代表团近日访日。姜瑜还就当前中日关系表示，这是日方挑起的严重事态，日方必须承担全部责任。姜瑜表示，近日中国各地民众对日方非法抓扣中国的渔民渔船表达极大愤慨，这充分体现了他们维护国家主权、领土的意志和决心。姜瑜说，中国是最早发现钓鱼岛并且行使有效管辖的国家。她建议关心这一问题的人士读一下日本京都大学教授井上清所写的《关于钓鱼岛等岛屿的历史和归属问题》一书。
当日，外交部部长助理刘振民约见日本驻华大使丹羽宇一郎，提出严正交涉，要求日方立即放回中方船长。刘振民重申了我在钓鱼岛问题上的一贯立场。
9月15日8时30分，被日方非法抓扣的中国渔船安全返抵福建省泉州市晋江深沪渔港。
日方续押中国船长
王光亚：一切后果日方承担
9月16日，外交部发言人姜瑜说，在钓鱼岛问题上我们的立场是一贯和明确的，中国政府和人民维护国家主权、领土完整的决心和意志也是坚定不移的。但是我相信中国的民众会以理性和合法的方式来表达他们的想法。
9月17日，外交部发言人姜瑜就中方加强在相关海域执法活动等回答了记者有关提问。有记者问，中国海监船近日在相关海域要求日方停止海洋调查活动，中国渔政执法船也加强了在相关海域的活动。请证实。姜瑜说，近日，中方派遣海监船在我相关海域加强了执法活动，维护中国的海洋权益。她说，中方有关部门还派遣渔政执法船赴我相关海域巡航护渔。还有记者问，据报道，中方已向春晓油气田运送了一些器材，有可能进行维修作业。请证实。姜瑜说，中方对春晓油气田拥有完全的主权权利和管辖权，中方在春晓的活动完全合理合法。
9月19日，外交部表示，日方继续扣押我国渔船船长给中日双边往来造成严重损害，中方已经暂停双边省部级以上交往，终止了双方有关增加航班、扩大中日航权事宜的接触，推迟了中日煤炭工作会议，中国公民赴日旅游规模也已经受到严重影响。
当晚，外交部副部长王光亚就日方19日下午决定继续非法扣押中方船长事，向日本驻华大使丹羽宇一郎表示强烈愤慨和抗议。王光亚指出，日方如不立即无条件放回中方船长，中方将采取强烈反制措施，其一切后果由日方承担。王光亚强调，日方制造的这起事件已经对中日关系还有什么不懂问我
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