公交线路丰富，覆盖岛内外，包括35、番52、86等20余条线路，如大学城专线1至6和广东科学中心专线1，以及纯电动公交试验线路801路。岛内公交如380A、381等为居民提供了便利的出行选择。
地铁方面，大学城拥有4号线，连接广州南站、昌岗、万胜围等地，方便从广州火车站、广州南站、广州东站等多地抵达。此外，7号线和12号线规划中，7号线从大学城南站出发，直达广州南站，并与高铁线路相连；12号线则计划在2020年开通，连接客村等市区核心区域。
隧道和高速公路方面，大学城北侧有仑头隧道连接科韵路、新滘东路等道路，东侧的京港澳高速延长线（长洲出入口）正在建设中。中八路与外环路交汇处的规划新造隧道直达广州国际创新城，南洲路延长线有望接驳海珠环岛路，洛溪隧道则设想连接洛溪岛。
水上交通方面，中大码头至大学城码头的BRT预计2016年开通，现有轮渡服务连接新造、黄埔。同时，生物岛设有游艇基地，规划发展滨海旅游。
广州大学城(Guangzhou Higher Education Mega Center)位于广州市番禺区新造镇小谷围岛及其南岸地区，是国家一流的大学园区，华南地区高级人才培养、科学研究和交流的中心，学、研、产一体化发展的城市新区，面向21世纪适应市场经济体制和广州国际化区域中心城市地位、生态化和信息化的大学园区。进驻十所高校，分别是：中山大学、华南理工大学、华南师范大学、广州大学、广东外语外贸大学、广州中医药大学、广东药学院、广东工业大学、广州美术学院、星海音乐学院。