北川国家地震遗址博物馆的核心景点，以其独特的设计和深刻寓意，展现了对逝者和生者的深深缅怀。四座守望塔作为博物馆的标志性元素，象征着生命的坚韧与生生不息。每座塔都源自羌族的传统雕楼，既是哀思的寄托，也是为生者祈福的希望象征，它们彼此守望，寓意着生命的力量与延续。
县城遗址保护区，作为一个纪念与展示的中心，其功能在于祭奠和教育。通过结合遗址实际情况与展示主题，博物馆采用实景与虚拟展示相结合的方式，利用图片、文字、影像、雕塑等多种手段，生动地呈现地震灾难的历史和影响。其中，公众祭奠场包括中心祭奠园和北川墓园，中心祭奠园位于老城区与新城区的交汇处，而北川墓园则坐落在新城对岸的龙尾山脚下，为遇难者提供宁静的安息之地。
分区主题纪念区分布于展馆内，每个区域根据展示主题设置特定的祭奠点，以铭记主要事件或场景。最引人注目的是中心墓园，通过大小各异的绿色方舟——象征重生的树木围合而成的祭奠广场，方舟的大小和方向寓意着遇难者的人数和方位。这些绿色方舟不仅代表了生命的坚韧，也寄托着对未来的希望。
北川国家地震遗址博物馆将建在原北川中学校址，设爱心纪念林地，参观者可植树寄哀思，4座守望塔将设在中心祭奠园和北川墓园四周。