企业个人所得税计算方法主要有两种，分别是综合征收制和分类征收制。
综合征收制是指将纳税人在一定时期内的各种所得综合起来，减去法定减免和扣除项目的数额，就其余额按税率征收个人所得税。这种计算方法能够考虑到纳税人的整体负担能力，避免因为收入来源多而导致税负过重的情况。例如，某个纳税人在一个月内分别获得了工资、稿费和出租房屋的收入，这些收入都需要纳税。在综合征收制下，这些收入会被加起来，减去法定的减免和扣除项目，然后按照适用的税率计算个人所得税。
分类征收制是指将个人所得按照性质、来源和形式划分为若干类别，分别规定不同的税率和费用扣除标准，分别计算税额。这种计算方法能够针对不同类型的收入制定不同的税收政策，更好地调节社会经济生活。例如，工资收入和个体工商户的经营所得分别适用不同的税率和费用扣除标准，因此需要分类计算个人所得税。
以上两种计算方法各有优缺点，综合征收制能够更好地反映纳税人的整体负担能力，而分类征收制能够更好地针对不同类型的收入制定不同的税收政策。在实际操作中，可以根据具体情况选择适合的计算方法。
需要注意的是，个人所得税的计算还涉及到一些具体的政策规定，例如税前扣除、专项附加扣除等。这些政策规定的具体内容和标准可能会因为不同的国家和地区而有所不同，需要纳税人仔细了解并遵守相关规定。