二级结构DSSP编号

Question

如题所述

Answer 1

DSSP是“Define Secondary Structure of Proteins”的缩写，它是一个用于记录已知三维结构蛋白质二级结构的工具。DSSP通过单一英文字母来标记不同的二级结构，具体如下：

G：代表3转角螺旋（310螺旋），至少需要3个残基。
H：代表4转角螺旋（α螺旋），至少需要4个残基。
I：5转角螺旋（π螺旋），至少需要5个残基。
T：表示氢键转角，可能是3、4或5个转角。
E：表示平行或反平行的β折叠结构，至少2个残基。
B：独立β桥内的残基，涉及一对β折叠氢键。
S：弯曲，是唯一非氢键的指定。

对于非上述形态的残基，DSSP使用空格表示，而卷曲或环状结构用C和L标记。二级结构如螺旋和折叠需要满足一定的长度要求，即邻近的一级结构残基需形成特定氢键模式，否则会被标记为T或B。

蛋白质二级结构的预测早期主要基于氨基酸的螺旋或折叠倾向，结合能量估算，准确率约为60%。多序列比对技术的应用则可提升至80%。通过对比大量蛋白质序列，可以发现氨基酸位置上的趋势，如甘氨酸在大多数情况下倾向于形成α螺旋。现代预测方法，如神经网络、隐马尔可夫模型和支持向量机，结合现有数据进行预测，并提供信赖分数。

二级结构预测的准确性不断提高，如EVA实验中的先进方法如PsiPRED、SAM、PORTER、PROF和SABLE，准确率已接近90%。然而，由于DSSP标准方法的限制，以及一些方法对β折叠段的忽视，总体预测准确性仍未达到理想水平，仍有提升空间。

准确的二级结构预测对于三级结构预测至关重要，例如，特定的βαββαβ模式是铁氧化还原蛋白的标志性特征。

扩展资料

二级结构以往是由生物巨分子在原子量级结构下的氢键来定义的。在蛋白质，二级结构则是以主链中氨基之间的氢键模式来定义，亦即DSSP所定义的氢键，并不包括主链与旁链间或是旁链之间的氢键。而核酸的二级结构是以碱基之间的氢键来定义。在很多RNA分子，二级结构对RNA正常功能非常重要，有时甚至于较序列重要。这可以帮助用于分析非编码RNA。RNA二级结构可以用电脑来提升预测准确性。而其他生物信息学的应用会使用一些二级结构的概念来分析RNA。