1、机构属性不同
国家税务总局，为中华人民共和国国务院主管税收工作的直属机构，正部级。
稽查局是国家税务总局主管税务稽查工作的职能部门。
2、主要职责不同
国家税务总局具体承担所辖区域内各项税收、非税收入征管等职责。
稽查局起草税务稽查法律法规草案、部门规章及规范性文件；办理重大税收案件的立案和调查的有关事项并提出处理意见；指导、协调税务系统的稽查工作。
3、机关隶属不同
国家税务总局隶属于中华人民共和国国务院。
稽查局是国家税务总局的职能部门。
4、内设机构不同
国家税务总局内设机构有：办公厅、政策法规司、货物和劳务税司、所得税司、财产和行为税司、国际税务司、收入规划核算司、纳税服务司、征管和科技发展司、大企业税收管理司、稽查局、财务管理司、督察内审司、人事司、机关党委、离退休干部办公室、巡视工作办公室。
稽查局内设机构有：综合处、制度处、系统工作处、举报中心（案源管理处）、稽查一处、稽查二处、稽查三处、稽查四处、稽查五处（协查处）。
参考资料来源：百度百科-国家税务总局
参考资料来源：百度百科-国家税务总局稽查局
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