1、《通往天国的倒数计时》（主要登场）
剧情简介：柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。
一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋几乎一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士，不久之后第一个杀人事件发生了。
2、《贝克街的亡灵》（主要登场）
剧情简介：在信息技术行业的帝王托马斯·辛德勒的基础上，开发了人工智能程序“诺亚方舟”的10岁天才少年弘树离奇自杀。2年后，辛德勒公司发表了使用了最新的虚拟现实技术的前所未有的游戏“茧”。这是可支配五感，体验就像现实中事情的虚拟体感游戏。
柯南、灰原哀、小兰和少年侦探团一起，前往发布会。在那里也出现了与这部游戏开发有关系的新一父亲——优作的身影。然而在华丽的聚会开始之后，辛德勒手下“茧”的开发负责人——坚村被杀害了。
3、《水平线上的阴谋》（主要登场）
剧情简介：15年前的一个雾色浓稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的货轮“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川发生事故沉没。万幸的是船上大部分人都逃过这一劫难，只有船长和一名船上的高级干部不幸罹难身亡。
时间回到15年后的现在，地点是日本东京西多摩市的别墅密集区，八代财团旗下分属八代造成业的设计师八代英人；开车的时候心脏病突发，结果车子不幸掉下山崖造成车毁人亡。谁也没想到，时隔15年且分别发生在海洋和陆地上的两起事故，会是一项重大阴谋的开始。
4、《纯黑的噩梦》（主要登场）
剧情简介：东都水族馆进行了大规模翻新。为了观赏那里的特色——世界第一个二轮式巨大摩天轮而来到此处的柯南一行人与那里一位受伤的神秘女性相遇。
她似乎由于某种原因丧失了记忆。线索只有已损坏的手机。柯南与少年侦探团一起，决定帮助她找回记忆。这时，灰原觉察到了异样。这个女性，是左右眼颜色不同的“双色瞳”的拥有者...
5、《零的执行人》（主要登场）
剧情简介：作为东京峰会召开地的东京湾新设施“海洋边缘”。在峰会召开的5月1日有约2万名警察出动的这一超巨大设施，发生了大规模爆炸案！那里，有隶属于暗中掌控全国公安警察、俗称为“零”的警察厅秘密组织的安室透的身影。秘密暗中出动的安室的神秘行动令柯南不禁感到蹊跷。根据现场留下的作为证据的指纹，犯人被断定为曾在警视厅就职的毛利小五郎！
与安室围绕小五郎的逮捕开始敌对的柯南听说了过去安室曾将嫌疑人逼至自杀的奇妙案件。随后在决定起诉小五郎的那时，在戒备森严的东京都内，同时爆发了多起难以理解的恐袭！