主任科员是正科级，属于非领导职务，所以职责略低于科长、乡长、镇长等领导职务的正科级领导职务。
正科实职与二级主任科员在职务层级上其实是一样的，也就是说，刚提拔的那些科长在职级层次上相当于二级主任科员，如果担任了实职职务又兼享受职级的话，理论上必须再等两年之后才能晋升到一级主任科员。
通常我们可以说，市直单位的那些科长不一定是一级主任科员，但一级主任科员一定是曾经在正科领导层次上任职。现在也有很多地方，正科级科长一旦晋升为一级主任科员，就会要求从科长的实职上退下来，在现有岗位连续工作。
一级主任科员是正科级的最高级别，有了这层身份才能晋升四级调研员。县一级，能晋升到一级主任科员的人有限，所以可以晋升到四级调研员的只有县直单位局长、乡镇党委书记，有些人是一级主任科员，但资历不高所以与四级调研员无缘。四级调研员多般是为县直单位局长和乡镇党委书记准备。
任职定级
在县乡等基层，一般是副科级领导干部卸任领导职务的同时，提升为主任科员，然后等待退休。而在省以上机关，主任科员一般是担任更高级职务之前的一个台阶，在此基础上可以提升为正科级领导职务，也可以提升为副处级职务。
中共中央组织部、人力资源和社会保障部印发的《新录用公务员任职定级规定》第四条规定：“（一）直接从各类学校毕业生中录用的、没有工作经历的公务员：……获得博士学位的研究生，任命为主任科员，定为二十二级。”
以上内容参考：百度百科-主任科员
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