分成五个校区:
吉首大学砂子坳校区,位于吉首市乾洲开发区方向的砂子坳区,吉首人民一般称呼为新校区.出吉首市火车站乘坐一路公交车可以直达。
2.吉首大学大田湾校区,位于吉首市大田湾区,靠近湘泉花园,吉首人民一般称呼为老校区..
3.吉首大学医学院校区,位于吉首市市中心,靠近湘西自治洲人民,吉首人民一般称呼为卫校或者医学院.
4.吉首大学师范学院校区，位于吉首市市中心，花果山下，靠近吉首市第一中学以及吉首市农业学校，吉首人民一般称为师院。
5.张家界校区，位于湖南省张家界市，貌似是最大最新的校区，而且在张家界风景区底下。