卫宫士郎在即将第二次
fate ubw线
被Lancer刺杀之时召唤出了Saber，Saber将Lancer击退。
之后远坂凛带士郎去教堂听言峰绮礼对圣杯战争做说明。回来的路上遇到带着Berserker的依莉雅，Saber和Archer联手击退Berserker。士郎和凛决定联手。
士郎和凛发现学校里还有另一名Master在开启结界吸收灵力，是带着Rider的间桐慎二。士郎用了第一个令咒召唤出了Saber。之后Rider意外被暗算出局，失去Servant的慎二到教堂请求庇护，于是绮礼让上一次圣杯战争留下的吉尔伽美什成为慎二的新Servant。
晚上士郎被Caster控制，独身前往柳洞寺，Saber赶去救他，却在山门被伪Assassin佐佐木小次郎缠住。Archer突然现身救下士郎却称自己是路过。在和Caster战斗中，Caster表示想收Archer做手下的意思。Caster撤走后，Archer突然攻击士郎，但被Saber救走。
士郎开始下意识地投影Archer的武器来提升自己实力。Caster抓住藤村大河逼士郎交出令咒，Caster用宝具——破除万物戒律之符刺了Saber，让Saber成为她的手下，Saber苦苦抵挡，虽然Caster用士郎那里拿来的
令咒让Saber成为自己手下，但是Saber对魔术的抵抗力在Servant中号称最高等级。连用上了魔法阵和瞬间契约的大魔术也完全地无效化，即使是在现代拥有最高级数的技量的魔术师，也不可能以魔术的直接攻击来伤害她。 就连“令咒引起的行动强迫”也是，该命令“要是只用了一划，就可以进行反抗”，是轻易地撼动Servant系统之根干的，异乎寻常的等级。
士郎、凛和Archer去救Saber，Archer临阵倒戈选择了Caster一方，士郎和凛逃出来，决定找其他的Master合作。他们去艾因兹贝伦堡时却看到吉尔伽美什耗死Berserker后杀死了依莉雅。之后Lancer出现表示要帮助他们，二人带着Lancer去救Saber，Lancer和Archer对攻，Archer使用炽天覆七瓣圆环挡下了Lancer的绝招但也受了伤。凛用出其不意的格斗术战胜了Caster，Archer攻击Caster，Caster和葛木宗一郎死了。随后Archer要杀士郎，魔力不足的Saber无法对抗Archer，但因为之前士郎的令咒被Caster夺走，而凛和Archer的契约也在Archer反叛时被Caster去除，所以凛和Saber都是自由身，她们缔结了契约，Saber成为凛的Servant。魔力得以完全恢复的Saber击退了Archer。
之后Archer揭露了自己的真实身份，原来Archer就是未来的卫宫士郎，他虽然成为了拯救世界的英雄，但为了救多数人不得不杀害少数人的行为，实际上早已违背了他「救助一切生命」的初衷。发觉使自己陷入困境的是那不成熟的正义理想后，他迁怒于过去的自己，认为“如果能亲手杀掉过去的自己，时空应该会有所扭曲，未来的Archer也不会诞生”。Archer职阶即使失去Master也仍可存活两天，士郎不肯放弃理想，在固有结界与Archer一战，Archer消失在火光中。
此时言峰绮礼绑架了凛，他命令Lancer杀死凛，Lancer不愿意，表示除非绮礼使用令咒。于是绮礼用令咒命令Lancer自杀，Lancer用宝具刺进了自己的心脏。但他撑着最后一口气杀死了绮礼，并打伤了试图趁乱欺侮凛的慎二，救出了凛。
慎二被吉尔伽美什作为新的圣杯容器。士郎和凛要对决吉尔伽美什，根据Archer之前说过的话，认定胜机在士郎的无限剑制，但是士郎的魔力不够，于是士郎和凛建立起了某种深奥联系，使得士郎可以直接从凛身上获得魔力来使用无限剑制。
决战开打，士郎对决吉尔伽美什，凛去阻止圣杯生成、救慎二，Saber再次被佐佐木小次郎缠住。小次郎是
Caster违规以柳洞寺为Master召唤的，只能在柳洞寺附近活动，并有时限，小次郎一直等到现在，就是为了好好打一场。Saber击败小次郎，毁掉圣杯，凛救出慎二，危急时Archer再次强势出场，救下凛。士郎靠无限剑制对王之宝库的克制作用，利用吉尔伽美什的轻敌压制了吉尔伽美什，吉尔伽美什发觉不对想用乖离剑被士郎砍去右臂打败，他被圣杯吞噬时想拉士郎下水，Archer在此时射中了吉尔伽美什并救下了士郎。
之后Archer将“过去的自己”托付给凛，最终消失了。
