台大医院近年配合台湾大学发展，以及教育部政策，以接收方式，接收多家公立区域，地区医院作为分院。
公馆院区：接收位于台北市大安区基隆路155巷57号的国军八一七医院，成为公馆院区，2009年11月13日停止门诊服务，改建为癌症中心及质子治疗中心。
北护分院：2004年8月整并国立台北护理学院附设医院为台大医院北护分院
云林分院：接收卫生署署立云林医院成为云林分院斗六院区。
虎尾院区：于2007年9月19日启用，设置为癌症专科医院，以提升云嘉地区癌症治疗水平。
儿童医疗大楼：2008年12月26日启用。
金山分院：2010年10月25日承接财团法人北海岸金山医院。
新竹分院：2011年7月1日接收卫生署署立新竹医院成为新竹分院。
竹东院区：2011年7月1日接收卫生署署立竹东医院成为竹东分院。 1968年奉准兴建，1975年正式施工，1976年9月16日台湾省立云林医院正式成立。
1999年7月1日精省改制为行政院卫生署云林医院。
2001年7月台大医院医疗团队进驻。
2004年4月1日奉行政院核示，正式改制为国立台湾大学医学院附设医院云林分院，原于虎尾筹设之云林分院则规划为云林分院虎尾院区。
2005年7月14日国立台湾大学医学院附设医院云林分院虎尾院区动土，2007年9月启用。 1949年5月4日创设台湾省立台北高级医事职业学校附设妇幼卫生中心。
1953年更名为台湾省立台北高级护理助产职业学校附设妇幼卫生中心。
1963年因台湾省立台北高级医事职业学校并入台湾省立护理专科学校，改为台湾省立护理专科学校附设妇幼卫生中心。
1981年更名为国立台北护理专科学校附设妇幼卫生中心。
1986年10月奉准更名为国立台北护理专科学校附设医疗卫生中心。
1989年7月经核定改为国立台北护理专科学校附设医院。
1994年更名为国立台北护理学院附设医院。
2004年8月1日改制为国立台湾大学医学院附设医院北护分院。 1993年为提升北海岸居民的医疗品质，台北县万里、金山、石门、三芝四乡民众倡议兴建医院，祈使乡亲遇有急诊或重症时，不必远赴外地。后获台电敦睦及回馈地方承诺捐助。其后台电与台北县卫生局、万里、金山、石门、三芝乡公所、台大医院共同研商在万金石地区兴建核能医院，即为财团法人北海岸金山医院，于2005年10月开幕启用。
2006年底董事会决议争取改制为公立医院，经行政院原则同意改制为台大医院金山分院，并于2008年4月由台大医院医疗团队进驻。
2010年8月16日于台北县政府举行“财团法人北海岸金山医院改制为台大医院金山分院”签署仪式，在台北县长周锡玮见证下，由金山医院董事长许铭能及台大医院院长陈明丰签署改制协议书。10月1日完成改制为国立台湾大学医学院附设医院金山分院。 1895年日本统治台湾，即于当时的台北县新竹支厅管内设立医院，隶属于陆军局军医部。
1896年6月改隶民政组织，正式称为新竹病院。
1897年年改为新竹县新竹医院，并设立分院于苗栗。
1898年改隶于台湾总督府，同时改称为台湾总督府新竹医院，并废止苗栗分院。
1945年台湾光复，接收后隶属于台湾省行政长官公署民政立新竹医院，由于省府之改制而改隶于台湾省政府卫生处。
1999年为配合台湾省政府功能业务与组织调整更名为行政院卫生署新竹医院。
2011年7月1日改制为国立台湾大学医学院附设医院新竹分院迄今。
